衣带渐宽终不悔分享 http://blog.sciencenet.cn/u/tuqiang2014 在康河的柔波里,做一条水草, 向青草更青处漫溯。

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分享 人类口腔微生物组数据库(eHOMD)简介
2018-8-24 18:43
随着人体微生物组项目的开展,对人体口 腔微生物组的研究也日渐增多,NIH牙颅颌面研究 所(national institute of dental and craniofacial re - search,NIDCR)于2008年启动了第一个口腔微生物组综合数据库——人体口腔微生物组数据库(human oral microbiome database,HOMD)。HOMD于2008年3月25日正式对公众开放 ...
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分享 数量生态学笔记||非约束排序|NMDS
2018-8-18 18:52
非度量多维尺度分析(Non-metric multidimensional scaling,NMDS)是间接梯度分析方法,其基于距离或不相似矩阵产生排序。与尝试最大化排序中的对象之间的方差或对应关系的方法不同,NMDS试图尽可能接近地表示低维空间中的对象之间的成对不相似性。可以使用任何相异系数或距离度量来构建用作输入的距离矩阵。 NMDS是 ...
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分享 扩增子分析软件QIIME2 必知必会
2018-8-16 08:40
扩增子一站式分析平台QIIME nature||qiime 2018年1月QIIME2全面接档QIIME1 极简操作 source activate qiime2 qiime tools import --type 'SampleData ' --input-path ../test-paired-end-demultiplexed --source-format CasavaOneEightSingleLanePerSampleDirFmt - ...
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分享 数量生态学笔记||非约束排序||PCoA
2018-8-14 22:32
主坐标分析(Principal Coordinates Analysis ,PCoA, =Classical Multidimensional Scaling ,cMDScale)是一种探索和可视化数据相似或不同之处的方法。它从一个相似矩阵或相异矩阵(=距离矩阵)开始,并在一个低维度空间中为每个对象分配一个位置。 PCoA能够将样本之间的相似性距离(虚拟距离),经过投影后,在低维 ...
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分享 数量生态学笔记||非约束排序||CA
2018-8-11 22:33
长期以来,对应分析(Correspondence analysis ,CA)是分析物种有无或多度数据最受欢迎的工具之一。原始数据首先被转化成一个描述样方对对Pearson 卡方统计量的贡献率的矩阵,将获得的矩阵通过 奇异值分解(SVD) 技术进行特征根和特征向量的提取。因此,CA的排序结果展示的是 样方之间的卡方距离 ,而不是欧式 ...
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分享 数量生态学笔记||非约束排序||PCA
热度 1 2018-8-11 12:40
看到本笔记系列的名字么?:R在数量生态学中的应用—矩阵·度量·聚类·排序·空间。其实到排序这一部分已经算是接近尾声了,因为空间分析哪一部分我打算放弃,目前的生态数据规模很少有空间数据。接下来,搬好小板凳,咱们好好讲讲排序。 如果说聚类分析的目的在于寻找数据的间断性,那么排序(ordination)的目的就 ...
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分享 数量生态学笔记||模糊聚类
2018-8-7 20:28
使用cluster程序包内Fanny()函数进行c-均值模糊聚类。 在传统的聚类结果中,每个对象只能分配给唯一的一个组,然而,c-均值聚类结果不同,一个对象可以赋予不同的组,对象与组之间的归属度可以通过成员值(membership value.)衡量。 rm(list = ls()) setwd(D:\\Users\\Administrator\\Desktop ...
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分享 数量生态学||多元回归树
热度 1 2018-8-7 19:58
多元回归树(Multivariate Regression Trees,MRT)是单元回归树的拓展,是一种对一系列连续型变量递归划分成多个类群的聚类方法,是在决策树(decision-trees)基础上发展起来的一种较新的分类技术。其目的是在定量或分类解释变量的控制下递归划分一个定量变量。这样的分类方式有时也称为 约束聚类或者导向聚类 。同一 ...
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分享 数量生态学笔记||聚类物种关联
2018-8-3 23:11
组内数据简单统计 对聚类结果获得的样方组进行简单统计(如平均多度),寻找每个样方组数量最多,频度最高或最具代表性的物种。 # 加载所需的程序包 library(ade4) library(vegan) # 应该先加载ade4后加载vegan以避免冲突 library(gclus) library(cluster) library(RColorBrewer) library(labdsv) lib ...
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分享 ggplot2调整X轴标签顺序
2018-8-2 08:02
Create test data group = c(rep(A, 3), rep(B, 6), rep(C, 5),rep(D, 4)) value-c(rnorm(3,mean=1,sd=4),rnorm(6,mean=0,sd=1),rnorm(5,mean=2,sd=2),rnorm(4,mean=5,sd=1)) tt.data-data.frame(group,value) head(tt.data) Now plot library(ggplot2) ggplot(tt.data,aes(grou ...
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GMT+8, 2020-2-26 18:20

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