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挑战与机遇|| 构建大型单细胞图谱
周运来 2021-1-30 07:35
随着单细胞技术的发展和成本的下降为构建大型单细胞图谱提供了机会,其实人们已经这样做了,如小鼠单细胞图谱( http://bis.zju.edu.cn/MCA/ ,40W+)和人类单细胞景观( http://bis.zju.edu.cn/HCL/ ,70W+)。能在单细胞水平上解析某一物种细胞类型的异质性,这将为该物种的基础研究和产业应用提供基础材料。这让我想起 ...
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大型单细胞数据分析解决方案
周运来 2021-1-30 07:34
为什么要做大型单细胞数据分析 因为单细胞数据在呈指数增长,遇到大数据集只是早晚的问题。曾经我们困惑一个物种的基因组那么大,如果给很多物种都测基因组的话,拿什么来存储这些数据?随着单细胞技术的成熟,测序成本的下降,眼见单细胞数据通量将会呈现超指数增长。在bulk时代所几十例转录组会觉得已经做了很多了,而 ...
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什么样的组织适合做空间转录组?
周运来 2021-1-5 23:55
空间转录组学技术在复杂的生理、病理条件(直接切片还是有设计地切片?)下研究不同位置区域细胞的异质性,特别是针对肿瘤和干细胞生物学,发掘具有独特分子特征的细胞群落,研究其对信号、药物和外界刺激的响应差异,阐释疾病发生的不同阶段和状态,细胞与细胞、细胞与环境的相互作用,离不开保留空间位置信息的高通量分 ...
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读《科研团队知识生产模式研究》
周运来 2021-1-3 20:50
读书对我来说是一个思考的环境,就像有的朋友隔段时间想去庙里静修一会,书籍像是我闲暇时候的的背景音乐,所以往往读到了什么,读懂了没这些都不是我关心的。我关心的是在这个过程中:我思考了吗? 知道这本书也是偶然,因为看过《智识的生产技术》,这里作者提出了卡片学习法。所以看到目前这本《科研团队知识生产模式 ...
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2021单细胞寄语:向青草更青处漫溯
周运来 2021-1-3 19:58
寻梦? 撑一支长篙, 向青草更青处漫溯; 满载一船星辉, 在星辉斑斓里放歌。 新年的钟声一响,与单细胞在一起的日子又多了一年,这一年她成熟了许多,开始在生命科学的各个领域崭露头角。看到她的人,都啧啧称赞,一时间:行者见罗敷,下担捋髭须;少年见罗敷,脱帽著帩头。耕者忘其犁,锄者忘其锄。这一年,有不 ...
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单细胞时代 || 网络分析应用进展,机遇与挑战
周运来 2020-12-12 09:38
前情回顾: 单细胞时代 || 细胞身份概念的演变 单细胞时代 || 从众病之王到希望之光 单细胞时代 || 宿主-微生物组相互作用 Network modeling of single-cell omics data: challenges, opportunities, and progresses 其实在遇到本文之前,我们已经写就 Network在单细胞转录组数据分析中的应用 ,也 ...
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单细胞时代 || NGS技术实现
周运来 2020-12-4 08:52
Single-Cell RNA Sequencing and Its Combination with Protein and DNA Analyses scRNAplus||一个通俗的解释 单细胞时代 || 细胞身份概念的演变 单细胞时代 || 网络分析应用进展,机遇与挑战 单细胞时代 || 从众病之王到希望之光 单细胞时代 || 宿主-微生物组相互作用 单细胞时代|| 单细胞代谢组学之免疫 ...
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回顾2020三场直播课||或谈我的单细胞工程与科学之旅
周运来 2020-8-1 07:38
不知不觉,2020年已经过去大半。如果说2019年是我单细胞知识不断输入的一年,2020年就是不断输出的一年,而且是大块大块地输出。在过去的大半年里,参与组织了累计长达有三周22节直播课,涵盖了目前单细胞大部分的分析思路。有人问,初心是什么?不怕同行学会了抢生意吗?不怕客户学会了丢生意吗? 其实这是怎么看到怎么 ...
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如何快速地从单细胞数据中观察HLA基因表达模式
周运来 2020-8-1 07:35
在我们分析单细胞数据的时候,想要反映细胞每一个特征往往是选择这个特征对应的基因,所以一般想要讲故事先找基因集。今天,我们就来用正则表达式来匹配一类比较特殊的基因:HLA基因。 人类白细胞抗原(Human leukocyte antigen ,HLA),参与人体主要组织相容性复合体(, major histocompatibility complex ,MHC)的众多 ...
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单细胞RNA-seq数据分析最佳实践
周运来 2019-11-16 11:01
Luecken MD, Theis FJ. Current best practices in single-cell RNA-seq analysis: a tutorial. Mol. Syst. Biol. 2019, 15: e8746. 摘要 单细胞 RNA-seq 提高了基因表达研究的分辨率,这项技术也带来越来越多的单细胞分析方法。这使得一般研究者难以驾驭这一多工具的格局并从中搭建最新的工作流程来分析自己的数据。 ...
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