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基于NGS的miRNA测序以及接头序列介绍
熊朝亮 2014-11-30 00:03
一般成熟的miRNA长度在22nt左右,在过去miRNA主要是从已知的基因组序列中来预测,但是遗憾的是并不是所有的生物都有全基因组序列。现在随着新一代高通量测序技术的发展,即使没有全基因组序列我们也能从分离的RNA中直接测序,并且可以分析miRNA的表达丰度。 但是在测序过程中给我们往往会遇到的如下两个方面的问题: ...
个人分类: 【转录组-mRNA分析】|4411 次阅读|没有评论
Illumina/454/ABI三种测序平台原理的比较
熊朝亮 2014-11-30 00:01
三种测序平台原理的比较: Illumina--454--ABI三种测序平台原理的比较.pdf
个人分类: 【测序概述】|3236 次阅读|没有评论
RNA-seq转录本拼接与重构的探讨
熊朝亮 2014-11-29 23:59
RNA进行测序一直以来都被认为是一种发现基因的有效方法,而且这种方法还被认为是对编码基因以及非编码基因进行注释的金标准。与以前的方法相比,大规模平行RNA测序方法(massively parallel sequencing of RNA)极大增强了RNA测序技术的处理能力,使我们得以能够对转录组进行测序。 &nb ...
个人分类: 【转录组-mRNA分析】|6176 次阅读|没有评论
如何将多个Bed文件进行合并?
熊朝亮 2014-11-29 23:54
假如有1.bed, 2.bed, 3.bed,如何对这三个bed文件进行合并,去掉冗余的条目,得到一个并集all.bed? 答案是 bedtools的mergeBed $ mergeBed -h Tool: bedtools merge (aka mergeBed) Version: v2.16.2 Summary: Merges overlapping BED/GFF/VCF entries into a single interval. Usage: bedtools merge -i ...
个人分类: 【技术-脚本】|8995 次阅读|没有评论
测序中的duplicate是什么?
熊朝亮 2014-11-29 23:51
我看到GATK的best practice中说道“ Duplicately sequenced molecules shouldn't be counted as additional evidence for or against a putative variant. By marking these reads as duplicates the algorithms in the GATK know to ignore them. ” 我在网上也查过好多次了,可是还是不太明白这个duplicate是 ...
个人分类: 【测序概述】|8092 次阅读|没有评论
SAM格式详解
熊朝亮 2014-11-29 23:48
SAM是一种序列比对格式标准, 由sanger制定,是以TAB为分割符的文本格式。主要应用于测序序列 mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多重比对结果 。 不同的软件,不同的时期,不同的研究方向,都会创建一种或者多种格式标准,当然根据当时的需要,创建符合需求的标准,也是最容易的事情,而反过来 ...
个人分类: 【测序概述】|4255 次阅读|没有评论
测序分析中常用文本格式之间的转换
熊朝亮 2014-11-29 23:43
1. gtf 与 Bed 的互相转换, 两者都是基因注释文件,gtf的一行表示一个exon,多行表示一个基因。而bed的一行表示一个基因。 $ perl gtf2Bed.pl $gtfFile $bedFile $ sh bedToGtf.sh $bedFile $gtfFile gtf2Bed.pl bedToGtf.sh 2. 利用bed从基因组上取fasta $twoBitToFa -bed=$bedFile ...
个人分类: 【技术-脚本】|8592 次阅读|没有评论
转录组的怪事:嵌合RNA
熊朝亮 2014-11-29 23:17
嵌合RNA (chimeric RNA)由两个或两个以上基因的外显子组成,并具有编码新蛋白改变细胞表型的潜力。嵌合RNA就是命名于合成神兽奇美拉的。迄今为止研究人员已在多种生物体中通过高通量RNA测序,识别了大量可能的嵌合转录本。 嵌合RNA的形成机理 ,多数人认为是与tran-splicing有关。 tran-splicing ...
个人分类: 【转录组-mRNA分析】|5468 次阅读|没有评论
microRNA命名的基本规则
热度 1 熊朝亮 2014-11-29 23:14
关于microRNA的命名规则: (1) miRNA 简写成miR,再根据其被克隆的先后顺序加上阿拉伯数字,如miR-21; (2) 高度同源的miRNA 在数字后加上英文小写字母(a、b 、c),如miR-199a 和miR-199b; (3) 由不同染色体上的DNA序列转录加工而成的具有相同成熟体序列的miRNA,则在后面加上阿拉伯数字以区分, 如miR-199a-1 和mi ...
个人分类: 【转录组-miRNA分析】|9657 次阅读|1 个评论 热度 1

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