最开始使用mrbayes时，当时还没有多核并行的觉悟，能在windows上跑起来已经感觉很成功了，只是太慢了。也就想开始自己捣鼓下并行运算。网上搜了下， 真有人编译了3.2.0版本的windows并行版，安装成功后发现这种方式运行效率和想像中的差好多，4核时才勉强比原来的单机版快一点点。我又尝试搭建了两台电脑内网联机8核的方式，还是很有限，只好放弃。干脆将设置好的文件请朱朝东老师组算吧，直接8线程，只需要我这1/3时间。

   算的东西越来越多，总不能天天麻烦人家吧，丰衣足食还得靠自己动手，就在网上寻找有无免费的online version，这不，发现了CIPRES这个好东西，不光有mrbayes，还有N多主流系统发育工具，直接将时间缩至1/4。你要知道运行超过1周后心态很难受的，说不定来次意外断电就完了，checkpoint功能也只能在非windows下才有用。CIPRES也是有时间限制的，这不是主要问题，但有一阵子这网站频繁维护，搞得我又没法干活，人家拿着话语权呢。得，自己学习linux安装吧。

   对着baidu在线安装了据说最好用的ubuntu，折磨了N久也只能编译成功单机版，这有什么用。请学生陈镇搞了一通，总算parallel version 3.2.1弄好了，在我的3770K上缩至40%时间，相当可观了，当时内心特满足。不久，又来问题了。正好第一篇分子文章MPE回修，我重新跑下分析，也就一晚的计算时间，结果.......几乎没有哪个节点的后验概率值是超过90的，难道我之前全错了，这文章岂不是白干了。反复ML计算还是对的啊。拼命搞了两天，mrbayes还是这结果，快疯了。结果网上google下，说这是3.2版本的一个bug，但并不普遍，单机版就不会出现，并行版也说不清楚有的机子会出现。只好火速找朱老师计算，总算搞定计算。

   故事还没有结束。文章弄完后（13年8月）新3.2.2版本出来了，说解决了这个bug。我着急地立即尝鲜，以为可以幸福了，但现实是残酷的，并行版还是超低的节点值。打听了北京无论3.2.1还是哪个版本都没这个问题，我就猜可能不是版本的问题，而是操作系统，linux的花样可多了。北京用的是centos。我不想再尝试 一个新系统，去熟悉基本操作了，就暂时没再搞下去。一直没解决，总是个心病。

   到了去年年底，朋友推荐用虚拟机运行linux，省得全新安装系统，不容易出问题。回家尝试用VMware虚拟了下ubuntu，果然方便，立即再次安装了mrbayes并行版，当然还是老问题。至少有了折腾的动力了。连夜装了虚拟了centos，当时简单搞了下，没编译成功，应该和ubuntu有点小差异，一直就没时间去烦它了。

   时间好快。昨天老婆孩子回老家了，一下子工作冲动了，半夜在想，我现在align(MAFFT),ABGD，PTP等不少软件都是ubuntu下执行的，就mrbayes这个心病了。忙到早上5点，终于在centos下编译成功并行mrbayes，尝试了几个数据，节点正确，算计时间上也节约了60%。

   泪奔，前前后后......特此记下血泪史，并告诫自己，不能再随意熬夜了。