置顶 · 学习生物信息的第二好教程

2017-7-7 08:15

生信的作用越来越大，想学的人越来越多，不管是为了以后发展，还是为了解决眼下的问题。但生信学习不是一朝一夕就可以完成的事情，也许你可以很短时间学会一个交互式软件的操作，却不能看完程序教学视频后就直接写程序。也许你可以跟着一个测序分析流程完成操作，但不懂得背后的原理，不知道什么参数需要修改，结果可以出 ...

个人分类: 生物信息|6584 次阅读|没有评论

为什么GEO2R/GEOquery的结果可能是错的？

陈同 2020-4-20 11:01

前言 NGS系列文章包括 NGS基础 、转录组分析 （ Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这 ）、ChIP-seq分析 （ ChIP-seq基本分析流程 ）、单细胞测序分析 ( 重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 （原理、代码和评述） )、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（ 典型医学设计实验GEO数据分析 ...

个人分类: 生物信息|2797 次阅读|没有评论

RNA-seq最强综述名词解释&思维导图|关于RNA-seq，你想知道的都在这（续）

陈同 2020-4-20 10:56

前言 NGS系列文章包括 NGS基础 、转录组分析 （ Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这 ）、ChIP-seq分析 （ ChIP-seq基本分析流程 ）、单细胞测序分析 ( 重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 （原理、代码和评述） )、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（ 典型医学设计实验GEO数据分析 ...

个人分类: 生物信息|3410 次阅读|没有评论

代码分析 | 单细胞转录组clustering详解

陈同 2020-4-17 21:00

聚类可视化 NGS系列文章包括 NGS基础 、转录组分析 （ Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这 ）、ChIP-seq分析 （ ChIP-seq基本分析流程 ）、单细胞测序分析 ( 重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 （原理、代码和评述） )、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（ 典型医学设计实验GEO数 ...

个人分类: 生物信息|4443 次阅读|没有评论

代码分析 | 单细胞转录组数据整合详解

陈同 2020-4-17 20:59

两种整合方法详解 NGS系列文章包括 NGS基础 、转录组分析 （ Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这 ）、ChIP-seq分析 （ ChIP-seq基本分析流程 ）、单细胞测序分析 ( 重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 （原理、代码和评述） )、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（ 典型医学设计 ...

个人分类: 生物信息|9793 次阅读|没有评论

14岁的男孩说想学生信，应该给予哪些指导？

陈同 2020-4-17 20:57

前言 随着高通量测序技术的发展，越来越多的文章重视湿实验和数据分析结合。现今大数据当道，生信分析也似乎是很多医学或生物科研工作者的一把剑， 上可问道 —分析实验数据发篇大文章， 下可修枝裁芽 — 处理日常数据来个小美化。而从理论到实践的 no error 总是“路漫漫其修远兮”。Mark Twain说： 出名要趁早，啥 ...

个人分类: 生物信息|1624 次阅读|没有评论

代码分析 | 单细胞转录组Normalization详解

陈同 2020-4-17 20:50

标准化加高变基因选择 NGS系列文章包括 NGS基础 、转录组分析 （ Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这 ）、ChIP-seq分析 （ ChIP-seq基本分析流程 ）、单细胞测序分析 ( 重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 （原理、代码和评述） )、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（ 典型医 ...

4142 次阅读|没有评论

代码分析 | 单细胞转录组质控详解

陈同 2020-4-17 20:45

前言 NGS系列文章包括 NGS基础 、转录组分析 （ Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这 ）、ChIP-seq分析 （ ChIP-seq基本分析流程 ）、单细胞测序分析 ( 重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 （原理、代码和评述） )、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（ 典型医学设计实验GEO数据 ...

个人分类: 生物信息|14169 次阅读|没有评论

来一场蛋白和小分子的风花雪月

陈同 2020-4-17 20:23

分子对接(Molecular Docking)理论 所谓分子对接就是两个或多个分子之间通过几何匹配和能量匹配相互识别找到最佳匹配模式的过程。分子对接对酶学研究和药物设计中有重要的应用意义。 分子对接计算是在受体活性位点区域通过空间结构互补和能量最小化原则来搜寻配体与受体是否能产生相互作用以及它们之间的最佳结合模式。 ...

个人分类: 生物信息|3365 次阅读|没有评论

这个床上工具挺不错！

陈同 2020-4-17 19:59

Bedtools是处理基因组信息分析的强大工具集合，本文列出自己学习其官方文档的几个点，对后面计算不同样品peak 相似性 的脚本做了下更新和调整，使用起来更为简单方便。 内容摘要 区域注释，如peak注释，peak分布分析，peak与调控元件交集等。 区域合并，如求算多样品peak合集，或合并重叠区域 区域互补，如得到 ...

个人分类: 生物信息|1906 次阅读|没有评论

本页有 1 篇博文因作者的隐私设置或未通过审核而隐藏