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2019-5-30 16:01
本人从事林业统计分析,主编R与ASReml软件的教材2部,主译学术专著1部。熟悉植物遗传评估,擅长R软件与ASReml软件。熟悉R编程,包括常见的基础统计(方差分析、协方差分析、t检验等)和高级统计(主成分分析、聚类分析、判别分析等);同时,也善于使用R软件进行图形的绘制,包括高级程序包ggplot2和lattice;此外,本 ...
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拉丁方设计之R篇
林元震 2013-11-28 13:09
拉丁方设计(Latin square design)是从横行和直列两个方向进行双重局部控制,使得横行和直列两向皆成单位组,是比随机单位组设计多一个单位组的设计。以n个拉丁字母A,B,C,……,为元素,作一个n阶方阵,若这n个拉丁方字母在这n阶方阵的每一行、每一列都出现、且只出现一次,则称该 ...
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巢式设计之R篇
热度 2 林元震 2013-11-18 14:14
巢式设计(Nested design),也称为嵌套设计或系统分组设计。把研究对象分成若干组,每组内又分若干亚组,每个亚组又有若干观测值的设计,称为巢式设计。根据因素数的不同,巢式设计可分为二因素(二级)、三因素(三级)等巢式设计。 【例子】某试验欲研究药物品种、炮制方法以及剂量对小鼠凝血时间的影响,采用了巢式 ...
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单因素方差分析之R篇
热度 2 林元震 2013-11-4 10:12
程序代码如下: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 ######### 代码清单 ######### #### 建立数据集df #### yield - scan() 24 30 28 26 27 24 21 26 31 28 25 30 32 33 33 28 21 22 16 21 ...
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R语言简介
林元震 2013-11-4 09:59
R既是软件,也是语言,在GNU协议General Public Licence下免费发行,是1995年由新西兰奥克兰大学统计系的Ross Ihaka和Robert Gentleman基于S语言基础上共同开发的一种统计软件。现在由R开发核心小组(R Development Core Team)负责维护与更新,并将全球优秀的统计应用程序包免费提供给世人使用、共享。 R是一套由数据 ...
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列联表检验之R篇
林元震 2013-10-29 21:28
根据卡方检验对试验数据次数判断两类因子相互独立或彼此相关的假设检验称为独立性检验(test for independence)。主要类型有2×2、2×c、r×c列联表的独立性检验。 举个简单的2×2列联表的独立性检验 分析代码和运行结果如下: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 df - matrix( c(26, 184, 50, 2 ...
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颜色等高图之R篇
林元震 2013-10-27 20:34
颜色等高图对于试验数据的空间分析,可以做一个直观、形象的判断。 以某松树某个林分的10年生胸径为例,试验林是35行、40列,共1400个数据。其中的缺失值一律用0.001替代,以减少缺失值对图形的影响(由于默认情况下,缺失值对应的颜色为白色,会对图形干扰)。 绘图代码如下: 1 2 3 4 5 6 7 8 ...
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主成分分析之R篇
热度 2 林元震 2013-10-27 20:21
R中psych包可以进行主成分分析,其分析的步骤为: (1) 判断主成分的个数; (2) 提取主成分; (3) 获取主成分得分; (4) 列出主成分方程,解释主成分意义。 【例子】 测定了20株杨树树叶,每个叶子测定了4个变量(叶长x1,2/3处叶宽x2,1/3处叶宽x2,1/2处叶宽x2),测定结果如表4-52所示。试进行本样本 ...
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双性状分析之MCMCglmm篇
林元震 2013-10-25 14:12
对于多性状分析, R 中的程序包 MCMCglmm 也可进行 asreml-r 的类 似分析,只是代码更为复杂。 MCMCglmm 程序包代码如下: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 ############ ...
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ASReml-R之简介
热度 2 林元震 2013-10-24 20:14
目前用于遗传分析的主要统计软件有 SAS 和 SPSS 等,并已经开发出了包括 WOMBAT 、 MCMCglmm(R 语言的程序包 ) 等在内一系列遗传方差组份估计软件。 ASReml 是一个非常强大的统计软件,由 NSW Agriculture 的 Arthur Gilmour 开发的。该软件专门用于海量数据的混合模型分析,并可估算许多 ...
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聚类分析之R语言篇
林元震 2013-10-24 20:13
聚类分析 (cluster analysis) 是把研究对象 ( 样本或变量 ) 分组成为由类似的对象组成多个类的一种统计方法。聚类结果一般在 4-6 类,不易太多,或太少。聚类分析目的在于将相似的事物归类,同一类中的个体有较大的相似性,不同类的个体差异性很大。两个个体间 ( 或变量间 ) 的对应程度或联 ...
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