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sam文件小知识：正负链reads在sam文件中的序列信息

2020-3-10 06:16

Sam文件的第二列： FLAG：0正链，16负链，4没比对上 如果一个read mapping到正链上，sam文件第十列所展示的是这个read的序列。而如果一个read mapping到负链上，sam文件第十列所展示的是这个read的反向互补序列。 下面展示的是sam文件的两行（前10列）： K00315:238:HF3Y3BBXY:2:1211:29031:44728 0 chr10 ...

个人分类: RNA_seq处理|7200 次阅读|没有评论

0_based and 1_based (Sam file, Bam file and Bed file)

2019-4-11 00:27

0_based numbering: the initial element of a sequence is assigned the index 0; 1_based numbering: the initial element of a sequence is assigned the index 1; BAM/BED data are 0-based and SAM data are 1-based. An example shows below: The screenshot came from a sam file. ...

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Ensembl/Gencode数据库中基因注释统计

2018-12-18 09:14

现在基因组非编码区域的注释条数越来越多，那么究竟注释了多少非编码基因，多少假基因呢？ 这里仅以Gencode数据库中人类和老鼠的最新注释为例。在老鼠的注释信息中（Gencode M19），注释的基因数目总共为5.44万。其中蛋白编码基因大致是2.2万，lncRNA基因和假基因大致为1.3万。在人类的注释信息中（Gencode V29），注释的 ...

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利用liftOver进行不同版本的坐标转换

2018-12-15 10:43

Here I want to show how to convert coordinates from mm10 to mm9 based on command line. And you also can do this using the web interface at http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgLiftOver The operating system in my computer is Ubuntu 18.10 (64-bit). Liftover usage: liftOver inpu ...

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[转载]CDS, Exon, intron, utr的定义

2018-12-15 05:50

参考连接： ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/embl/doc/FT_current.html CDS:codingsequence;sequenceofnucleotidesthatcorrespondswiththesequenceof aminoacidsinaprotein(locationincludes&nbs ...

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虚拟机Ubuntu中添加硬盘

2018-12-13 01:28

最近换了新电脑，所以重新安装了虚拟机。我用的是Oracle的虚拟机。在里面安装了ubuntu18.10 1 通过设置添加新的硬盘 2 进入ubuntu系统检查硬盘情况 命令：sudo fdisk -l, df -h There are three hard disks: /dev/sda, /dev/sdb and /dev/sdc 只有 /dev/sda 进行了分区“ /dev/sda1 ” , 并且挂 ...

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上传NGS数据到GEO

热度 1 2018-12-4 07:38

以下信息都是基于个人最近一年的经验。GEO网站可能会更新，具体信息可以登录GEO官网查看。 上传数据官网： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/submission.html 1 注册账号 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/register/?back_url=/geo/submitter/ 2 文件准备：上传的文件包含 ...

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