基因注释小结

马省伟 2021-3-5 21:29

基因注释一般是指采用生物信息学的方法获得已组装好的基因组中基因的位置、结构等信息，一般包括从头注释、同源注释和基于转录组和蛋白质组的注释。基于转录组和蛋白质组的注释是目前最准确的方法，但受限于不可能获得所有时空下的转录组或蛋白质组，所以有必要用同源注释和从头注释的结果作为补充。基因注释是分子生物学 ...

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GATK流程不用再分割小麦染色体

马省伟 2020-9-20 22:17

小麦GATK流程不支持小麦整条染色体，主要是指不支持bam文件和vcf文件的index。所以把index问题解决了，问题是不是就解决了呢？ GATK有些步骤会自动index，需要添加参数禁掉 --disable_bam_indexing。 GATK4支持csi的index，所以bam文件可以使用samtools index -c生成.csi格式的index文件。如果还是想要使用.bai格式的文 ...

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综述|植物泛组学:方法、应用与进展

马省伟 2020-3-23 23:15

随着越来越多的植物基因组的组装，人们发现一个单一的参考组装并不能反映一个物种的基因多样性。泛基因组 反映了基因组中的结构变异和多态性，从而能够深入比较物种水平或更高分类水平中的变异。本综述 讨论了当前的关于泛基因组整合、分析和可视化的方法。此外，也探讨了泛基因组在作物改良、进化和生物多样性研究方面 ...

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综述|研究小麦粒重和产量的一种简化方法

热度 1 马省伟 2020-3-23 23:11

最近，Cristobal Uauy 在植物学报英文版（Journal of Integrative Plant Biology）上发表题为“A reductionist approach to dissecting grain weight and yield in wheat”的综述，该综述从多个层面论述了小麦粒重发育过程的影响因子，值得对小麦籽粒发育感兴趣的小伙伴了解下。 增加全球粮食产量是一项 ...

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2019年小麦赤霉病文献汇总

马省伟 2020-1-28 14:09

1 Molecular cytogenetic characterization of wheat-Elymus repens chromosomal translocation lines with resistance to Fusarium head blight and stripe rust. BMC Plant Biol. 2019 Dec 27;19(1):590. doi: 10.1186/s12870-019-2208-x. PMID:31881925 Author : Gong, Biran; Zhu, Wei; Li, Sanyue; Wang, ...

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Nature Genetics发表文章解析现代小麦的起源

马省伟 2019-5-2 17:31

Nature Genetics发表文章解析现代小麦的起源 5月1号Nature Genetics发表了两篇小麦的文章。前几天我们还念叨着一篇文章即将在NG发表( 厉害了|小麦大规模外显子测序 )，没成想在五一假期的第一天就上线了，而且还是双黄蛋，其中一篇“ Exome sequencing highlights the role of wild-relative introgression in sh ...

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厉害了|小麦大规模外显子测序

马省伟 2019-4-29 09:19

厉害了|小麦大规模外显子测序 今天给大家简单介绍一个将要在nature genetic 发表的小麦外显子测序的文章（小道消息）。 某天胖丫，查看NCBI上更新的SRA数据，发现新增了不少小麦方面的数据，其中就有今天我们要介绍的这个项目。 根据上图提供的网站信息（http://wheatgenomics.plantpath.ksu.edu/1000EC/） 点 ...

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错过就可惜了 | NCBI blast 结果页面更新啦

马省伟 2019-4-27 15:30

错过就可惜了 | NCBI blast 结果页面更新啦 先吐槽下题目的前半段，这是标题党。 废话不多数，看图说话。 image-20190427151813607

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PPT可以编辑R画的图了

马省伟 2019-4-21 21:55

PPT可以编辑R画的图了 废话少说，直接进入正题。 输入格式： 至少包括两列，一列是分组信息，一列是表型数据。缺失值使用NA表示。 保存为txt文件(如，genotype_phnotype_input.txt)。 输入文件格式 代码如下，请根据自己的实际情况修改 #加载如下R包 library (ggplot2) library (Hmisc) ...

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