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fasta格式转化-fasta_formatter
余慷 2014-8-28 23:08
fasta_formatter -h usage: fasta_formatter Part of FASTX Toolkit 0.0.13.2 by gordon@cshl.edu = This helpful help screen. = FASTA/Q input file. default is STDIN. = FASTA/Q output file. default is STDOUT. &nb ...
个人分类: Bioinformatics|3795 次阅读|没有评论
使用awk实现:二代测序文件fastq转换为fasta格式
热度 1 余慷 2014-8-13 10:34
方法1 awk '{if(NR%4 == 1){print substr($0, 2)}}{if(NR%4 == 2){print}}' fastq fasta 方法2: awk 'BEGIN{P=1}{if(P==1||P==2){gsub(/^ /,);print}; if(P==4)P=0; P++}' fastq fasta 推荐使用方法1,方法2可能会有缺陷 ...
个人分类: perl|16937 次阅读|1 个评论 热度 1
perl printf打印数字时,如果位数不足,前面用0补齐
余慷 2014-8-12 12:04
个人分类: perl|11334 次阅读|没有评论
Endnote安装-在word工具栏中出现Endnote web的改为Endnote
热度 1 余慷 2014-5-15 08:29
安装Endnote X7时,中间选错选项,在word2013工具栏中出现Endnote web工具,点击时总是出现登陆;因为在线同步数据库很慢,所以需要切换为经典模式。 以下是设置办法: 在Word中Endnote web加载项中找到Preferences,点击-Application中选择Endnote即可 方法来自 论坛
个人分类: 论文文献|5464 次阅读|2 个评论 热度 1
Primer3-PRIMER_ERROR=thermodynamic approach chosen..解决办法
热度 1 余慷 2014-3-6 11:13
安装Primer3后,发现直接使用命令 primer3_core example example.out 出现错误: “PRIMER_ERROR=thermodynamic approach chosen, but path to thermodynamic parameters not specified” 1. 一种解决办法是输入命令时加入-default_version=1的参数 primer3_core -default_version=1 -output=ex ...
个人分类: Bioinformatics|8820 次阅读|1 个评论 热度 1
Word2013的Endnote工具栏消失
热度 1 余慷 2014-3-5 18:13
1. 打开word2013 2. 在文件菜单中找到选项--加载项--右下方管理COM加载项-转到--Cite While You Write前面打上对勾,确定即可让Endnote X7的在工具栏中显示
17520 次阅读|3 个评论 热度 1
perl cpan设置
余慷 2013-6-17 21:18
刚开始使用cpan时,需要先进性设置各种参数; 如果是普通用户,其中需要注意的是设置安装module的文件夹,文件夹前缀如/home/kyu/local/perl; 使用o conf commit将更改的设置保存; 以后再使用cpan安装module时就自动安装在 /home/kyu/local/perl下了,而不会出现因为没有root权限而无法安装的结果
个人分类: perl|2509 次阅读|没有评论
根据bwa比对的SAM初步估计片段大小
余慷 2013-4-16 16:56
Linux命令即可,较快,但是不太严格
个人分类: Bioinformatics|4642 次阅读|没有评论

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