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在地图上标注饼图和柱状图_R
热度 1 贺强 2014-5-11 20:44
对于如何能在地图上精确标注自己的数据,很多人都不知道如何做。很久以前做过一个图,那时是在ppt里,一个点一个点画的,虽然图看起来差不多,但这样做位置必然不够精确。近两天在网上搜索了好长时间,终于能够做出自己想要的图。现在用 http://www.nature.com/ncomms/journal/v2/n9/full/ncomms1467.html 这篇文章 ...
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​利用R中的reshape包,来整理分割合并数据
贺强 2013-10-29 19:04
(R in action)
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大数据量下 行列处理问题
贺强 2013-9-15 14:40
对于一般数据量,行多点列多点都是没什么问题的,但是最近接触到一些大的数据,发现行列确实影响很大。拿一个84 x 800000的数据来说,当行数为800000行,列数位84列,在R下不管是读取还是运算或存储都比较快,然而反置之后,速度慢到不是一个数量级,尤其是data.frame存取。在linux如果用替换命令同样速度差距巨大 ...
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Linux vim/vi 用:s 命令来替换字符串
热度 1 贺强 2013-9-15 14:04
首先vim yourdata, 然后按Esc键,之后 :s/well/good/ 替换当前行第一个 well 为 good :s/well/good/g 替换当前行所有 well 为 good :n,$s/well/good/ 替换第 n 行开始到最后一行中每一行的第一个 well 为 good :n,$s/well/good/g 替换第 n 行开始到最后一行中每一行所有 well 为 good n 为数字,若 n 为 ...
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haploview 数据输入格式
贺强 2013-8-27 19:55
近几天一直在做haplotype分析,对我这个没有生物信息学背景的人来说着实遇到很多困难,上来haploview的格式就给我弄的一头雾水,由于这个软件偏向应用于人的等的家系遗传研究,所以对于我做植物的来说上来真不知道各种参数如何用。在n次搜索以后,终于找到对口的信息了。感谢分享信息的人,我现在上传它,希望对其他人也有 ...
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Linux下解压缩文件
贺强 2013-8-27 15:30
网络资源* .tar 解包:tar xvf FileName.tar 打包:tar cvf FileName.tar DirName (注:tar是打包,不是压缩!) ——————————————— .gz 解压1:gunzip FileName.gz 解压2:gzip -d FileName.gz 压缩:gzip FileName .tar.gz 和 .tgz 解压:tar zxvf FileName.tar.gz 压缩:tar zcvf FileName.tar.gz Dir ...
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用SAS整理SNP calling数据
热度 1 贺强 2013-8-26 15:42
随着电脑配置的提高,用单机版SAS运行重测序SNPcalling结果看来完全可以。以下代码是用来将SNPcalling 数据转化为Hapmap格式的代码,以便进一步的数据分析,谢谢 青云兄百忙之中帮我写下这段代码。 filename fileref pipe dir/b/s F:Resqdatachr1*.xlsx; data filename; infile fileref truncover; in ...
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