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[2011-08-03][Bifurcations and Oscillations][Learn Python]: 吴诚堃 2011-8-4 01:52; 一、Bifurcations and Oscillations. 1. 什么是 "Bifurcations"? 定性描述系统动力学状态随参数发生的变化。 2. Phase Line diagram 对于类似y'=f(y)的系统，用一个轴表示y的变化。在该轴上，可能会有sink，source或者node. Sink表示吸引附近的解的定点。source表示排斥附近解的定点。既不是si ...; 5682 次阅读|没有评论

[2011-07-27][关于POMC的事实与假设]: 吴诚堃 2011-7-27 07:45; 事实： 1. 在外加CRH刺激的时候，POMC并没有像ACTH一样发生剧烈的变化。 2. POMC的half life要比ACTH长得多 3. POMC的Pulsatility没有ACTH那么明显。 4. POMC一样显示出circadian rhythm. 假设： 1. 作为对acute stress的响应时，CRH主要影响的是ACTH的释放而不是转录和翻译的过程。这是因为需要迅速做出应激 ...; 4067 次阅读|没有评论

[2011-07-25][Nonlinear systems and Linearization]: 吴诚堃 2011-7-26 06:06; 今天继续在看什么情况下动态系统会产生持续震荡。对于非线性系统，第一步往往是进行线性化(Linearization)。关于这一步，网络上的一个材料很不错( http://math.rwinters.com/S21b/supplements/nonlinear2005.pdf )。深入浅出，易懂好学。第二步就是对线性化后得到的线性系统进行分析，利用Hopf Bifurcation产生的 ...; 4382 次阅读|没有评论

[2011-07-23][XPPAUT]: 热度 2 吴诚堃 2011-7-24 08:06; Pedro给我推荐了一个研究动态系统时很有用的软件 XPPAUT 。这个软件功能还是很强大的，我觉得唯一的缺憾可能是GUI比较差，生成的图形也不是那么美观。一种变通的方法是解析XPPAUT的输出文件，用MATLAB来生成相应的图形。 XPPAUT有在线文档，也附带了很多例子。同时在下述一书的附录B是该软件作者写的关于使用XPPAUT ...; 11294 次阅读|2 个评论热度 2

[2011-07-20][Condor | oscillations]: 吴诚堃 2011-7-21 03:56; 今天去听了学校RCS(Research Computing Service)搞的Condor培训课程。UoM里Condor好像应用还蛮广泛的。Condor系统的大致思想就是把学校里开着的闲置机器的CPU时间利用起来。Condor系统非常适合那些需要得到不同参数组合情况下的结果的程序。既不用花力气修改程序，也不用管并行的事情。UoM的Condor可以运行C程序、Java程序 ...; 4270 次阅读|没有评论

[2011-07-18][Sustained Oscillations of Goodwin's Model]: 吴诚堃 2011-7-19 06:48; 今日试图用COPASI、Matlab重现Goodwin的论文中非保守系统(non-conservative system)出现持续震荡(sustained oscillations)的结果，根据文章中提供的参数，我变换了很多初始值都无法得到文中Fig.13的结果。后来在Didier Gonze题为"Design principles of biological oscillators"的幻灯片中看到要想在Goodwin模型中出现这种持 ...; 4288 次阅读|没有评论

[2011-07-16]: 吴诚堃 2011-7-17 06:46; 今天在阅读1965年B C Goodwin发表的一篇论文“Oscillatory behavior in enzymatic control processes”。读到一半突然想看看除了Matlab和Mathematica之外有没有别的软件可以做动态系统的建模和模拟。发现了两个： 1. Berkely Madonna ( http://www.berkeleymadonna.com/ ) 这个名字拉风的软件号称自己是速 ...; 3609 次阅读|没有评论

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