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热搜: 科学 论文
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分享 R语言 堆叠柱状图 物种丰度直方图
靳泽星 2019-12-20 21:04
#使用ggplot2包绘制物种丰度直方图 #首先安装ggplot2包,并载入 install.packages(ggplot2) library(ggplot2) #OTUs相对丰度矩阵表(以97%的相似度为聚类阈值的分析结果) #安自己的实验设计整理,第一列是行名(row.names=1)(#门水平top10,others是将剩余低丰度门的进行#了求和) #读取数据 sss-re ...
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分享 R 语言 常用的小操作 小技巧
靳泽星 2019-11-20 20:50
①head()或者tail() 用法:data-read.csv(seq.csv,row.names=1)#将文件赋值给data head(data)#查看data的前6行 tail(data)#查看data的后6行 ...
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分享 R 绘制 韦恩图(venn图)
靳泽星 2019-11-19 22:15
绘制韦恩图需要的包是VennDiagram,可以看我之前的博客安装和加载R的包的操作,绘制的Venn图样式会如下图所示。这个包只能绘制2~5样本,就是说如下图是4个圈叠加在一起,这个包绘制的Venn图只能是最少2个椭圆圈,最多5个椭圆的。 比如你有9个样本,样本1,样本2,样本3......样本9,样本1-3是低温处理, ...
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分享 R语言 包的安装
靳泽星 2019-10-15 18:05
我知道的R包的安装方法共有3种可以通过执行命令:install.packages(包的名字) 来实现包的安装,注意 不要忘记引号,命令执行后会弹出下图最右侧的CRAN镜像站点的列表,选好站点后点确定就OK了。如果没有报错的话,就安装成功了。有时会看到warning :某包是某版本建造的。这是无所谓的, ...
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分享 linux操作系统下生成一段随机的DNA序列
靳泽星 2019-10-13 09:42
本篇博文纯属个人练习,可能有一万种方法实现我要得到的这个结果,原理很简单就是利用python的random模块在1到4之间产生随机数,再将随机产生的1,2,3,4四种数字替换为A,G,C,T。首先要说明的是我使用的linux系统版本是ubuntu。 #linux命令总概(蓝色部分为命令部分) #ct:用户名 #ehbio:宿主机的名字 #~ ...
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分享 R绘制 序列分析图
靳泽星 2019-9-27 20:57
本文主要参考了微信公众号“生信宝典”的文章,链接为 https://mp.weixin.qq.com/s/I9YboydSHsuVs6hDJSy0vg 首先是数据的准备,你获得一条条的DNA序列,将这些DNA序列放入到excel表中,另存为csv文件,然后读入到R中,数据格式如下: #需要安装和载入“ggseqlogo”包 install.packages(ggseqlogo) l ...
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分享 R语言设置工作目录
靳泽星 2019-8-30 17:25
设置工作目录应该是R运行的第一步,R需要你给它指定一个文件夹以便它读取文件或者输出文件。一般设定工作目录的方法有两种。一是直接输入代码,比如: setwd('F:/Ryuyan/data') setwd命令是设定工作目录,括号中的内容便是工作目录文件夹的具体位置,上面的位置就是说R将会在c盘Ryuy ...
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分享 R语言文件的读取
靳泽星 2019-8-29 17:21
呀呀呀有点小激动呐,我不知道以何种形式展示这部分内容。暂且先胡乱写点吧。我想要传授的内容可能比较肤浅,毕竟已有刘永鑫,陈同,刘尧等及众多微信公众号我知道的大神各种精彩的展示,这样比起来,我的内容更像是如何读懂大神的代码的基础知识。 我所看到的R语言文件的读取也就是常用的文 ...
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GMT+8, 2020-1-23 15:46

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