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置顶 · 2019.01-2020.1笔记整理总结
热度 9 2020-2-1 19:29
2019.01-2020.1 笔记整理总结 作为听党指挥的好孩子,正在尽自己所能做好个人职责:自春节过后到现在,除了倒垃圾就没出过门 …… 焦虑年后各种危机重重,算了不去想了想再多也没用,希望一切都往好发展吧。 2020 ,加油! 趁现在大把的时间,整理了一下过去一年写的笔记。第一篇是 19 年年初写的 ...
个人分类: 无分类|6714 次阅读|12 个评论 热度 9
基于16S的细菌群落功能预测工具PICRUSt2(PICRUSt的升级版)
刘尧 2020-2-14 19:18
基于 16S 的细菌群落功能预测工具 PICRUSt2 前文已经展示了 使用 PICRUSt 基于 16S 丰度组成预测群落功能 的方法。尽管 PICRUSt 在刚开始推出时非常受欢迎,但由于它是 2013 年开发的工具,已经是很多年前的事情了,并且其所依据的 GreenGene 16S 物种注释数据库也在 2013 年后就没再 ...
个人分类: Software/Pipeline/Script|3968 次阅读|没有评论
基于16S的细菌群落功能预测工具Tax4Fun2(Tax4Fun的升级版)
刘尧 2020-2-14 19:18
基于 16S 的细菌群落功能预测工具 Tax4Fun2 回想第一次接触微生物组分析时是 2017 年,那会儿主流的两个基于 16S 的细菌群落功能预测工具就是 PICRUSt 和 Tax4Fun ,均可以获得类似于宏基因组的功能丰度数据。 不过当时来看 Tax4Fun 更推荐一些, Tax4Fun 以 SILVA 数据库的 ...
个人分类: R统计分析|2428 次阅读|没有评论
支持向量机分类及在R中实现
刘尧 2020-2-7 13:25
支持向量机分类及在 R 中实现 支持向量机( Support Vector Machine , SVM )是一类可用于分类和回归的有监督机器学习模型。 本篇简介 SVM 的分类功能。 SVM 分类原理 已知一个数据集包含 M 个对象 N 个变量,这些对象可划分为两类别。如果将对象以点绘 ...
个人分类: R统计分析|1373 次阅读|没有评论
决策树的分类模型以及对重要变量的选择及R操作
刘尧 2020-2-4 20:48
决策树的分类模型以及对重要变量的选择及 R 操作 何为决策树,比方说下面这种。 当然这个判断依据是我瞎画的,真实情况可能不是这样, 看看就好别较真 …… 总之在这个非常时期,好好听党和政府的话,尽可能不要外出就可以了。 尽管内心 OS : 好了回到正题,上述 ...
个人分类: R统计分析|2157 次阅读|没有评论
关于二代测序中duplication占比问题的探讨
刘尧 2020-1-27 10:19
关于二代测序中 duplication 占比问题的探讨 首先来说一下什么是 duplication 。二代测序所获得的测序 reads 序列 ,将它们比对到基因组上,如果出现了完全匹配在基因中同一位置的 reads ,那么它们就是 duplication 。另一种通俗的理解,出现了碱基组成完全一致的 reads 就是 duplication (这个定义不 ...
个人分类: 概述|1673 次阅读|没有评论
LEfSe分析的在线+本地运行教程
刘尧 2020-1-15 20:59
LEfSe 分析的在线 + 本地运行的详细教程 尽管网上的教程多的是,但还是想自己整理一份。 LEfSe ( Linear discriminant analysis Effect Size )一种广泛用于宏基因组生物高维数据的 biomaker 鉴别和解释的工具,通过分类比较、生物学一致性测试和效应大小估计,描述和验证两个或多个微 ...
个人分类: Software/Pipeline/Script|5355 次阅读|没有评论
R语言中的判别分析方法
刘尧 2020-1-12 10:30
R 语言中的判别分析方法 判别分析( Discriminant analysis )用于基于一个或多个预测变量来预测对象属于某个给定类的概率,它对于连续或分类预测变量均适用。与 logistic 回归相比,判别分析在处理多分类问题时更稳健。 几种常见的判别分析类型主要如下。 线性判别分析 ( Linear dis ...
个人分类: R统计分析|2877 次阅读|没有评论
clusterProfiler的纯无参自定义物种注释的GO、KEGG富集分析及GSEA
刘尧 2020-1-8 23:22
R 包 clusterProfiler 的纯无参自定义物种注释的 GO 、 KEGG 富集分析及 GSEA 首先感谢水生 所 沈梦圆 师 姐,帮忙解决了困扰已久的问题 。 问题就是怎样作无参(数据库中完全没有关于该物种或其近缘种的注释信息)时的 GO 、 KEGG 富集分析。 Y 叔的 clusterProfiler 包 ...
个人分类: R统计分析|3672 次阅读|没有评论
R包ropls的PCA、PLS-DA和OPLS-DA
热度 1 刘尧 2020-1-5 21:53
R 包 ropls 的 PCA 、 PLS-DA 和 OPLS-DA 在代谢组学分析中经常可以见到主成分分析( PCA )、偏最小二乘判别分析( partial least-squares discrimination analysis , PLS-DA )、正交偏最小二乘判别分析( orthogonal partial least-squares discrimination analysis , OPLS-DA )等 ...
个人分类: R统计分析|7437 次阅读|4 个评论 热度 1

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