三年孕育出一个R包，用代码画蛋白结构域和突变位点

王程扬 2018-5-9 10:52

本文转载自嘉因微信公众号，已获得授权。查看最新文章，敬请关注嘉因，微信ID：rainbow-genome 作者：小丫 来源： 嘉因 小丫画图群里有位小伙伴想众筹画这种图的代码：希望能显示蛋白结构域和突变位点。 或 这种图的用途很广泛， 没有R包吗？这不科学 。 google搜“ ...

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错过它就像错失了一个亿！研究转录调控，比ENCODE更实用

王程扬 2018-5-9 10:45

本文转载自嘉因微信公众号，已获得授权。查看最新文章，敬请关注嘉因，微信ID：rainbow-genome 作者：小丫 来源： 嘉因 今天遇到小伙伴要 找转录因子A的靶基因 ，我顺理成章的打开 史上 最全 的 ChIP-seq数据库cistromeDB ，查看里面有没有转录因子A的ChIP-seq数据。 咦？右侧出现 ...

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我把Nature的Figure画成了蒙娜丽莎

王程扬 2018-4-26 15:56

本文转载自嘉因微信公众号，已获得授权。查看最新文章，敬请关注嘉因，微信ID：rainbow-genome 作者：小丫 来源： 嘉因 小伙伴们看了《 把Cell爆文的思路、方法用到自己的研究中 》都想知道： 找关键转录因子的这个图是怎么画的？ 为了解决这个问题，小丫发起了接力活动： 第一棒 ...

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CNS最爱的配色，在网页上点鼠标就能抓到 | 接力第四棒

王程扬 2018-4-26 15:02

本文转载自嘉因微信公众号，已获得授权。查看最新文章，敬请关注嘉因，微信ID：rainbow-genome 作者：小丫 来源： 嘉因 小伙伴们看了《 把Cell爆文的思路、方法用到自己的研究中 》都想知道： 找关键转录因子的这个图是怎么画的？ 为了解决这个问题，小丫发起了接力活动： 第一棒 ：小丫提 ...

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Cell的模式图画反，反，反了

王程扬 2018-4-25 16:52

本文转载自嘉因微信公众号，已获得授权。查看最新文章，敬请关注嘉因，微信ID：rainbow-genome 作者：小丫 来源： 嘉因 最近最火的莫过于Cell上的一系列TCGA paper，新朋友可能对挖掘TCGA数据的工具感兴趣《 TCGA，她已经用了七年 | 资深用户深度点评 》。小丫最感兴趣的是下面这篇，因为它讲了 ...

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RNA-seq居然能挖出这么多机制！给你的文章加5分

王程扬 2018-4-25 16:39

本文转载自嘉因微信公众号，已获得授权。查看最新文章，敬请关注嘉因，微信ID：rainbow-genome 作者：小丫 来源： 嘉因 手里有RNA-seq数据，不甘心发5分，想加点 机制 ，发10分。下面的 思路 ，总有一款适合你： RNA-seq数据 + 别人的ChIP-seq数据，准确 找到靶基因 ，详见《 RNA ...

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这些年的讲座ppt都白攒了

王程扬 2018-4-25 13:17

本文转载自嘉因微信公众号，已获得授权。查看最新文章，敬请关注嘉因，微信ID：rainbow-genome 作者：小丫 来源： 嘉因 看完《 再次把Cell爆文的思路、方法用到自己的课题上 》，跟我要梁晗老师ppt的小伙伴儿，有谁认真看了ppt？有多少收获？ 小丫翻看了几个ppt，完全没印象，好像当年没听过课 ...

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用同样的工具画图，卖家秀Nature communications

王程扬 2018-4-25 12:53

本文转载自嘉因微信公众号，已获得授权。查看最新文章，敬请关注嘉因，微信ID：rainbow-genome 作者：小丫 来源： 嘉因 小丫经常介绍一些好用的工具，例如整合了eQTL、DNase-seq、ChIP-seq数据和motif分析的检索工具HaploReg和Regulome，用它们查询SNP对转录调控的影响、挖掘变异导致表型变化的 ...

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神技能！转录调控必读

王程扬 2018-3-28 15:03

本文转载自嘉因微信公众号，已获得授权。查看最新文章，敬请关注嘉因，微信ID：rainbow-genome 作者：小丫 来源： 嘉因 转录调控的经典问题： 哪个蛋白质调控我感兴趣的基因？ 为了帮助小伙伴儿解决这个问题，小丫写了系列技术贴： ChIP系列Plan A：点鼠标就能实现的 1234 、用代码实现的 56 ...

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