自己翻译的Gromacs教程（Protein-Ligand动力学模拟-4）

王梦凡 2015-1-21 23:19

（十二）体系平衡 1.设定对配体的限制： $gmx/genrestr -f jz4.gro -o posre_jz4.itp -fc 1000 1000 1000 ** -f jz4.gro 输入配体的gro文件 ** -o posre_jz4.itp 输出加了限制的配体itp文件 ** -fc 1000 1000 1000 限制Force constants (kJ/mol nm^2) 2. 将限制的配体itp文件加入到topol.top中并保存： ; Include Po ...

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自己翻译的Gromacs教程（Protein-Ligand动力学模拟-3）

王梦凡 2015-1-21 23:16

（九）设定能量最小化的配置文件em_real.mdp 用记事本编辑如下参数，保存为em_real.mdp： ; LINES STARTING WITH ';' ARE COMMENTS title = Minimization ; Title of run ; Parameters describing what to do, when to stop and what to save integrator &nbs ...

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自己翻译的Gromacs教程（Protein-Ligand动力学模拟-2）

王梦凡 2015-1-21 23:14

（四）添加盒子 $gmx/editconf -f complex.gro -o newbox.gro -bt dodecahedron -d 1.0 ** -f 输入复合物的gro文件 ** -o 输出含盒子的结构文件，newbox.gro ** -bt 定义水盒子形状：triclinic（三斜体）, cubic（立方体）, dodecahedron（十二面体），octahedron（八面体） ** -d 定义盒子的尺寸，即盒子边缘距离分子 ...

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自己翻译的Gromacs教程（Protein-Ligand动力学模拟-1）

王梦凡 2015-1-21 23:10

Gromacs蛋白-配体动力学模拟教程： 原文：http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/complex/index.html 设定环境变量：export gmx=/usr/local/gromacs/bin （一）建立一个工作文件夹并进入 mkdir /home/mengfan/gromacs_complex_tutorial cd /home/mengfan/gromacs_complex_tutorial ...

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