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热搜: 科学 论文
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分享 混合线性模型笔记1:模型假定
邓飞 2019-8-27 06:46
前言 之前的GS专栏中,我们介绍了基因组选择中的理论,实践代码,数据过滤,模型介绍等。在基因组选择中,BLUP的方法应用范围最广,BLUP是混合线性模型中随机因子的效应值,因此想要了解基因组选择,混合线性模型是基础。 因此下面几篇博文中我们将系统介绍混合线性模型的基本知识,包括模型定义,公式推导,似然函数 ...
个人分类: 数量遗传学|268 次阅读|没有评论
分享 GBS hapmap 格式 转化为Plink格式:tassel vcftools方法汇总
邓飞 2019-7-31 20:22
1. 参考资料 https://zhuanlan.zhihu.com/p/38590403 环境:linux系统 2. 安装软件 首先,要安装 anaconda 或者 miniconda ,然后使用 conda install 进行软件安装, 安装conda方法: https://docs.anaconda.com/anaconda/install/linux/ 2.1 安装tassel git clone https://bitbucket.org/tasseladmin/tassel ...
个人分类: 农学统计|556 次阅读|没有评论
分享 GGE Biplot 双标图如何看?
邓飞 2019-7-31 20:17
0. GGE 双标图定义 GGE 的意思是在主成分分析时, 分解的是G+GbyE,然后根据PC1和PC2作双标图,称为GGE Biplot。 1. 几种不同类型的GGE双标图 1.1 基本图形1 单纯的将PC1和PC2投射到双标图中,标清楚品种和地点。 1.2 环境间的关系 从中心到各个环境做一条线段,主要是评价环境的区分性和相似性。 两环境 ...
个人分类: 农学统计|539 次阅读|没有评论
分享 AMMI模型怎么看?
邓飞 2019-7-31 20:13
0. AMMI模型定义 AMMI的全称:效可加互作可乘(Additive main multiplicative interaction, AMMI)。 AMMI通过从加性模型的残差中分离模型误差和干扰,提高估计的准确度。并且借助于双标图可以更直观的描述和分析基因型与环境互作模式。 公式: 1. 主成分意义 参考: https://www.slideshare.net/Balaji ...
个人分类: 农学统计|399 次阅读|没有评论
分享 R语言中dcast 和 melt的使用
邓飞 2019-7-23 22:16
1. 图片说明 2. 例子 示例数据: set.seed(123) dat = data.frame(ID = paste0(ID_,1:10),y1 = rnorm(10),y2=rnorm(10),y3=rnorm(10),y4 = rnorm(10)) dat 结果 dat ID y1 y2 &nb ...
个人分类: R语言|811 次阅读|没有评论
分享 R语言如何绘制小提琴图violin plot
邓飞 2019-7-23 22:13
1. 安装vioplot软件包 install.packages(vioplot) 2. 测试数据 生成一段随机数的数据框 dat = data.frame(y = rnorm(1000)) 绘制小提琴图 library(vioplot) vioplot(dat$y) 关注我 公众号:育种数据分析之放飞自我 ID: R-breeding ​
个人分类: R语言|807 次阅读|没有评论
分享 asreml 设定初始值 固定初始值
邓飞 2019-7-23 21:58
1. 背景 一个朋友问我,如何固定asreml的初始值,现在分为单性状和多性状进行说明。 为何要固定初始值: 1,由于群体较小,估算的方差组分不准确,需要手动设定初始值,直接进行求解 2,有些群体数据,估算方差组分不收敛,需要手动固定初始值 为何要设定初始值: 1,从头进行估算,模型运行时间较长,根据先验信 ...
个人分类: 数量遗传学|484 次阅读|没有评论
分享 学习Julia与弯道超车
邓飞 2019-7-21 22:04
1. Julia是什么? Julia 是一个面向科学计算的高性能动态高级程序设计语言。其语法与其他科学计算语言相似。他们想要的是一个开源的软件,它要像C语言一般快速而有拥有如同Ruby的动态性;要具有Lisp般真正的同像性(Homoiconicity)而又有Matlab般熟悉的数学记号;要像Python般通用、像R般在统计分 ...
个人分类: Python和Julia学习|783 次阅读|没有评论
分享 R 语言中的汇总统计:如何批量计算不同因素不同水平的平均值
邓飞 2019-7-16 07:40
参考 https://stackoverflow.com/questions/12478943/how-to-group-data-table-by-multiple-columns 实际工作中,我们需要对数据进行平均值计算,这里我比较了 aggregate 和 data.table 的方法,测试主要包括: 1,对数据yield计算平均值 2,计算N不同水平的平均值 3, 计算N和P不同水平的平均值 1. 常规方法a ...
个人分类: R语言|465 次阅读|没有评论
分享 矩阵计算中直和和直积的概念
邓飞 2019-7-12 09:16
概念解释 解释:直和(Direct sum)和直积(Direct product)是混合线性模型中经常用到的概念,下面用具体例子介绍直积和直和是如何通过R语言计算的。 比如下图中,D为2 * 2 的矩阵,F为2 * 2 的矩阵,那么直和就是讲D和F作为对角线,非对角线为0,构成一个4 * 4的矩阵。直积D的每个元素分别和F矩阵相乘 ...
个人分类: 农学统计|517 次阅读|没有评论

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GMT+8, 2019-9-17 10:25

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