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如何安装GWAS分析软件R包:GAPIT
邓飞 2020-10-24 13:14
「太长不看版」 在R中运行下面命令即可安装成功PAPIT软件。 #安装GAPIT软件做GWAS分析 if (!requireNamespace( BiocManager ,quietly=TRUE)) install.packages( BiocManager ) source ( http://zzlab.net/GAPIT/GAPIT.library.R ) source ( http ...
个人分类: 农学统计|870 次阅读|没有评论
机器学习路线图
邓飞 2020-10-22 21:57
之前,在公众号上写了一个专辑《进军机器学习》,时间跨度两年了,还是学学停停,同样学习的朋友都已经到 「深度学习」 、 「神经网络」 、 「强化学习」 了,而我还在机器学习的门口左右徘徊。关于机器学习的学习,我有很多经验,因为我深深的知道 「不花钱是不能够学到东西的,毕竟充值才能让你变强」 的道理,我也知道 ...
个人分类: 机器学习|656 次阅读|没有评论
R语言中的方差分析汇总
邓飞 2020-10-21 22:08
方差分析,是统计中的基础分析方法,也是我们在分析数据时经常使用的方法。下面我总结一下R语言如何对常用的方差分析进行操作。 1. 方差分析的假定 上面这个思维导图,也可以看出,方差分析有三大假定:正态,独立和齐次,如果不满足,可以使用 广义线性模型 或者 混合线性模型 ,或者 广义线性混合模型 去分 ...
个人分类: R语言|799 次阅读|没有评论
分类变量logistic回归分析--1
邓飞 2020-9-23 23:13
1. 二分类logistic回归分析 概念解释 「logistic回归介绍:」 Logistic回归适用于二分类变量(0和1)。模型假设Y服从二项分布,线性模型的拟合形式为: 「什么是优势比(odds radio)」 其中 为Y=1时的优势比。 「什么是对数优势比」 其中 为对数优势比,也称logit。 「什么是 ...
个人分类: 农学统计|646 次阅读|没有评论
R语言tryCatch使用方法:判断Warning和Error
邓飞 2020-9-22 19:48
1. 出门掉坑里 因为一些情况,需要判断一行命令运行的状态,然后再做出反应,整体来说: 是否出现warning,出现了怎么处理? 是否出现Error,出现了怎么处理? 没有出现怎么处理? R中判断warning和error状态的函数,我没有找到。一个玩 Java 的同事说, try.....catch 多经典的方法,你怎么不用呢? ...
个人分类: R语言|799 次阅读|没有评论
GWAS分析中:为何有些SNP效应值大却不显著?
邓飞 2020-9-16 22:17
之前的GWAS分析中,我查看结果时有过这个疑问,随着不断的学习理解,我已经知道了为什么,这里将我思考的结果分享一下。 1. 错误的理解 某一个SNP,效应值(Effect)越大,就越显著??? 「事实上:」 效应值和显著性是两码事! 2. 用代码说话 GWAS分析中,最简单的就是一般线性模型(GLM),而GLM模 ...
个人分类: 农学统计|874 次阅读|没有评论
R语言计算玉米测交试验的配合力
邓飞 2020-9-15 20:52
1. 玉米测交试验 可以认为,玉米侧交试验,是一个NCII的试验,在玉米实际的育种中,由于其测用结合的特性,应用广泛。 试验设计如下: 骨干系:4个 待测系:7个 重复:2次 观测值:产量 「计算目的:」 1 计算待测系的一般配合力(选择最优品系) 2 计算待测系和骨干系的特殊配合力(选出最优组合) ...
个人分类: 农学统计|590 次阅读|没有评论
R语音读取txt报错:UTF-16不支持 或者<ff><fe><63>\'多字节字符串有错
邓飞 2020-9-14 22:00
1. 问题描述 一个txt文件,使用R中的 data.table 包中的 fread 函数读取时,报错: dat=fread( test.txt ) Error in fread( test.txt ): Fileisencoded in UTF-16,thisencodingisnot& ...
个人分类: R语言|769 次阅读|没有评论
线性混合模型学习笔记2:公式解释
邓飞 2020-9-12 10:11
上一章节中(http://blog.sciencenet.cn/blog-2577109-1195363.html),我们介绍了混合线性模型中的模型假定,这一章节,用一个动物育种的示例,介绍固定因子,随机因子以及相关矩阵的推导,明确什么是G矩阵,什么是R矩阵,以及他们和方差组分的关系。直和和直积也是重要的概念,特别是多个随机因子以及随机因子有互作时, ...
个人分类: 数量遗传学|755 次阅读|没有评论
为什么体型比星座更能影响性格?
邓飞 2019-10-26 22:03
1. 体型分为哪几种? 这个有很多流派,介绍一下克雷奇米的理论,把体型分为四种: 每个体型包括性格特征和易患病症。 矮胖型,具有狂躁气质,高血压,高血糖 瘦高型,具有分裂气质,精神分裂,自我封闭 强壮型,具有黏着气质,冲动,癫痫症 发育异常型,抑郁气质,抑郁症 换句话说,胖子十有八 ...
个人分类: 数量遗传学|1524 次阅读|没有评论

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