科学网—lephar的博文

从辉瑞新冠口服药聊聊新药研发

赵洪桃 2021-11-7 02:10

继默克的Molnupiravir，辉瑞近日也公布了其新冠口服新药PAXLOVID的II/III期临床中期试验结果。PAXLOVID可以降低89%的重症与死亡风险，远远好于吉利德的静脉注射药物Remdesivir，比默克公布的Mmolnupiravir数据也更好。PAXLOVID是抗病毒药物利托那韦（Ritonavir）和新冠病毒蛋白酶抑制剂PF-07321332的复方制剂，在感染早期 ...

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虚拟筛选之匠心独具

赵洪桃 2021-5-16 01:25

时光荏苒，距离上一篇高通量虚拟筛选基础篇已有六年。本文采用基于显水模型的对接方案，并根据蛋白—配体作用模式分析化合物的结合构象，以提高预测准确性。本文以EphB4激酶结构域为例，力图重现文献上通过高通量虚拟筛选发现的新型抑制剂。 1. 显水模型对接 ...

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大浪淘沙——新药研发中的AI

赵洪桃 2018-8-27 21:57

化学空间犹如浩瀚的宇宙，即使几十亿的DNA化合物库亦不过是沧海一粟。药物研发中的化合物优化其实是在衍生物空间搜寻局部最优解的过程。遗憾的是，即使衍生物空间对人类来说也还是太大，所以化合物优化依赖经验丰富的药物化学家来构思尽可能多的衍生物并依据经验或计算来寻找通往局部优解的捷径。之前基于预定义的化学反 ...

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大数据助力中药抗癌分子机制研究

热度 3 赵洪桃 2016-11-19 19:08

历经数百年或上千年的实际使用经验，部分中药的确有治疗益处。譬如，复方苦参注射液（ CKI ）在国内被批准用于治疗各种癌症肿瘤，通常作为西医化疗的一种辅助，但是它如何起作用，目前我们还不清楚。中药的分子机理研究受困于高度复杂的生物系统以及复杂的中药成分。中药的分子机制缺乏一方面不能将中药复方中的有害成 ...

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药物筛选之众里寻他千百度

热度 8 赵洪桃 2016-6-12 00:07

化学空间——碳、氢、氧、氮、硫等元素构成的化合物——有多大？咋听之下，这个问题似乎跟宇宙是否有界一样的无厘头。不过，却是药物研发不得不面对的一个基本“哲学”问题。来自塔夫茨中心的报告声称药物研发的平均成本高达 25 亿美元。从临床前到临床一期、二期、三期直至被批准，候选药物过五关斩六将的同时也损 ...

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药物设计：虚拟高通量筛选

热度 2 赵洪桃 2015-5-17 00:30

1. 前言药物设计中活性化合物的发现可谓是大海捞针，西方谚语云“ a needle on a haystack ”。神农氏尝百草的原始方法已然不能满足现代药物开发的需求。即使基于现代自动化技术，动辄数十万乃至上百万的化合物筛选依然耗资数百万美元，历时一年左右。计算机辅助药物设计——在分子层面上理解 ...

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分子片段设计理念在现代药物开发中的应用

热度 1 赵洪桃 2015-4-13 01:09

神农氏尝百草，李时珍写《本草纲目》，古今中外药物研发离不开对海量化合物的筛选，并以此为基础进一步优化候选药物的药理、毒理性质（遗憾的是，中药往往止步于此）。小分子化合物的化学空间有多大呢？10 60 ！目前市面上可供药物筛选的小分子化合物有多少呢？接近一千万！我们得需要多少位神农氏啊？！随着现代生物检 ...

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激酶抑制剂的第二春：治疗阿尔兹海默症？！

热度 8 赵洪桃 2015-4-4 18:35

Annals of Neurology在线刊登了来自耶鲁大学医学院的研究报告，该报告称，阿斯利康的实验性抗癌药物saracatinib能使脑细胞之间互相连接，促使患阿尔茨海默症的小鼠模型恢复记忆。目前正在开展治疗阿尔茨海默症的一期临床研究。 saracatinib是一种酪氨酸激酶抑制剂，主要针对Src/Abl家族。早期在临床试验中用于治疗实体肿 ...

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浅谈分子对接的结合位点设置

赵洪桃 2015-3-25 05:48

分子对接是在指定的空间随机搜索最优结合构象的一个过程，这个指定的空间就是结合位点。因此，结合位点的设置是分子对接中极其重要的一个参数，甚至比随机搜索算法如模拟退火、遗传算法等参数更为重要。遗憾的是，即使是有着多年分子对接经验的高级用户也往往对结合位点的理解有所偏差。从物理的角度来看，结合位点不仅 ...

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