科学网—niuneat的博文

置顶 · 升级版|16srRNA微生物多样性测序报告解读

2021-4-1 17:29

微生物多样性测序（扩增子测序）是基于二代高通量测序对16S/18S/ITS等序列进行测序。可以同时检测样本中的优势物种、稀有物种及一些未知物种的检测，获得样本的微生物群落组成以及相对丰度。相信关注我们的小伙伴对此并不陌生。这次我们整合了大家平时会遇到的一些问题，在原有的基础上对报告进一步完善。 ...

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置顶 · [转载]多快好省的宏基因组研究技巧 — 资深专家分享

2020-4-27 13:34

谷禾健康原创近年的研究热点集中于环境和生物体相互作用的微生物群体，而大量复杂的微生物群体存在培养困难，构成复杂（包括细菌、古菌、真菌、原生生物、病毒甚至小型真核生物）。因此如何用高通量精准的了解这些群体的构成，基因功能分布以及具体的表达活性和代谢状况成为首要问题。高通量测序技术 ...

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置顶 · [转载]微生物多样性测序结果如何看？

隐藏 2019-11-18 14:37

原文如何读懂和利用你的微生物多样性测序结果？谷禾健康原创做过16s测序的小伙伴们都知道测完之后会拿到一份结果报告但这并不代表可以开始写文章了看似一大堆数据图表却不知如何下手这是很多人头疼的地方那么怎样给报告中的数据赋予灵魂让它真正成为对你有帮助的分析呢？今天我们来详细解 ...

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[转载]PICRUSt2在微生物功能预测分析中的应用解读

牛耀芳 2024-4-1 14:29

微生物组学研究现已超越微生物群落组成分析得到更广泛的使用。大量的人类微生物组研究证据表明，肠道微生物组的功能变化对炎症和免疫反应的影响起到关键的影响作用。 16S rRNA分析是微生物组研究作为最常用便捷且具有成本效益的测量技术，用于分析微生物组的菌落组成，但标记基因测序无法直接提供群落 ...

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[转载]想要拿到一手高质量微生物组科研分析结果，前期实验方案设计和取样环节是关键

牛耀芳 2023-8-17 15:00

最近有客户在拿到科研报告分析结果的时候问： “在同样的数据分析流程情况下，为什么我拿到的分析结果提取不出什么有价值的结果，而别人有着类似的项目课题，样本类型也相似，却可以拿到全面的差异分析结果，想要提取的信息一目了然？” ★ 项目设计和入组标准以及采样至关重要微生物组研究涉及到 ...

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[转载]一种新的算法模型，填补微生物组纵向研究数据中的缺失值

牛耀芳 2023-5-22 16:23

微生物组的纵向研究是一种长期跟踪微生物组变化的研究方法。在这类研究中，样本从同一人群或个人中多次采集，通过检测样本中微生物群落丰度的变化（如不同菌群的比例和种类），来了解微生物组随时间的变化趋势和特征。根据微生物组不同菌群的变化，可以发现一些与健康或疾病相关的特征，从而为疾病 ...

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[转载]基于短核苷酸序列频率构建细菌系统发育树

牛耀芳 2023-5-17 10:23

目前，原核生物的系统发育分类依赖于16S rRNA基因序列，这种序列在细菌中广泛存在且高度保守，但即使16S rDNA测序的结果显示某些细菌间序列相似性≥99%，但它们仍然不能被归为同一物种。因为基因序列中的一些保守区域并不一定代表真正的进化历史，水平基因转移也可能会影响分析结果。为此研究人员开 ...

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[转载]生物信息学——用好源代码的技巧与心法

牛耀芳 2023-5-15 10:33

如果你是一名科研人员，在研究的过程中需要用到代码，那么你可能不需要像专业码农那样从头到尾一句一句去写完整的，而是可以将网上的一段符合应用场景的现成代码拿过来直接用。这听起来是不是很简单？然而实际上... 目前，虽然学术界有资源可以用来编写更好的代码，但很少关注使用他人的代码可能遇到的问题 ...

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[转载]微生物常见统计检验方法比较及选择

牛耀芳 2023-4-19 10:41

微生物组经由二代测序分析得到庞大数据结果，其中包括 OTU/ASV表，物种丰度表，alpha多样性、beta多样性指数，代谢功能预测丰度表等，这些数据构成了微生物组的变量，大量数据构成了高纬度数据信息。针对不同的微生物数据，和研究目的的不同，数据分析时需要用到不同的统计分析方法，例如降维、聚类、机 ...

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[转载]宏基因组鉴定病毒流程中需要的生物信息工具

牛耀芳 2023-3-2 10:38

许多流行病的爆发都是病毒引起的，面对新的传染性基因组出现的最佳策略是及时识别，以便于在感染开始时立即实施相应措施。目前可用的诊断测试仅限于检测新的病理因子。适用于同时检测存在的任何病原体的高通量方法可能比使用基于当前方法的大量单独测试更有优势。宏基因组学测序、全基因组测序和靶 ...

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[转载]自学 R 语言的十条干货技巧分享

牛耀芳 2022-9-13 13:53

统计和科学编程已迅速成为科学中的一项必要技能，而这一般都需要用到—— R语言。 R语言以其简单易学、免费开源的特性，正在各个领域发挥着越来越重要的作用。由于其强大的统计计算和数据可视化两大功能，可以说在生信领域， R语言是干活的法宝。精确绘制各种非常漂亮的图各种各样的数据运算、清 ...

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[转载]宏基因组组装质量评估新方法-MAGISTA

牛耀芳 2022-3-22 13:51

尽管地球上微生物类群的繁多，但只有一小部分得到了培养和有效命名。因为大多数菌无法在非常特定的条件下培养分离鉴定。在过去十年中，宏基因组研究的重要性已经凸显，因为它能够评估细菌基因库并发现当前实验室培养技术无法掌握的新细菌基因组。这些数据对于扩大我们对地球上微生物多样性的理解至关 ...

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[转载]微生物组和组学成分数据分析之ALR对数转换

牛耀芳 2021-11-18 15:16

微生物组和组学数据集，由于其生物学性质，通常是高维的，特征常以各种成分，如基因、OTU、RNA转录本等的计数为特征。这些数据统称为成分数据。这类数据分析的中心概念是对数转换，而其中最简单的策略是 ALR （Additive log ratio）方法。对于高维数据，ALR方法有一下几个特点： (a) ...

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