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利用基因号从TAIR网站批量下载拟南芥基因序列的方法

已有 30481 次阅读 2013-1-19 13:43 |个人分类:方法总结|系统分类:科研笔记| 基因, Download, 拟南芥, Sequences

TAIR
The Arabidopsis Information Resource
http://www.arabidopsis.org/
 
1 在TAIR主页,把鼠标放在工具栏“Tools”标签下,滑动鼠标至该标签弹出列表的“Bulk Data Retrieval”处,点击该标签,进入“Bulk Data Retrieval and Analysis”页面,网址:http://www.arabidopsis.org/tools/bulk/index.jsp
 
2 在上一步页面点击蓝色标签“Sequences”,进入“Sequence Bulk Download and Analysis”页面,网址:http://www.arabidopsis.org/tools/bulk/sequences/index.jsp
 
3 在上一步页面的“Locus/Gene Model Identifiers or Sequences”文本框输入基因号列表,可以以空格分隔基因号,或每行一个基因号。例如“At1g01010 At1g01020 At1g01030”。
 
 4 在“Dataset”下拉列表中选择需下载序列的类型,可以是以下14种:
  • AGI transcripts
  • AGI coding sequences
  • AGI genomic locus sequences
  • AGI protein sequences
  • TAIR10 Loci Upstream Seq - 500bp
  • TAIR10 Loci Upstream Seq - 1000bp
  • TAIR10 Loci Upstream Seq - 3000bp
  • TAIR10 Loci Downstream Seq - 500bp
  • TAIR10 Loci Downstream Seq - 1000bp
  • TAIR10 Loci Downstream Seq - 3000bp
  • Intergenic Sequences
  • Intron Sequences
  • AGI 3' UTRs
  • AGI 5' UTRs
5 点击“Get Sequences”按钮,即可获得需下载的序列。


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