博文
如何制作发表质量的Venn（维恩）图
|||
--在Venn（维恩）图中根据数据比例调整集合的大小
通过不同方法，对于不同的研究对象，你可能得到不同的列表。比如不同表达模式的基因，不同矿物的组分，以及不同特征的人群......接下来，你可能希望把它们用集合的形式显示出来，看看各部分的交集，以及哪些类别较多。最简单的方法是用PPT画出不同的圈圈，然后标上数字。如果想让不同交集的尺寸随着数字的大小而调整，可能需要花上一点功夫。 这里有一个一劳永逸的方法（Vennerable package），轻松获得和高水平文章上类似的Venn（维恩）图。
简单搜索了一下，网上还没有中文的相关文档，或者一些文档对R语言有一定的要求。于是，写了一段代码，让会用Excel、 知道R（http://www.r-project.org/）尚没有学习写R代码的同学可以做出相同的图片。把代码贴出来，让需要的同学少走些弯路。
0. For advanced R User:
Reference to Vennerable package
https://r-forge.r-project.org/projects/vennerable/
1. For R Beginner:
A. 工具安装
1）安装R环境（选最新版本下载，双击，一直按确定即可）。运行R，打开命令窗口。
2）安装Vennerable包
输入：
install.packages("Vennerable", repos="http://R-Forge.R-project.org")
选择服务器，确定
或者：先下载ZIP（Windows）文件，然后Packages -- Install from Zip files
地址：https://r-forge.r-project.org/projects/vennerable/
3）导入Vennerable包
library(Vennerable)
这时R可能通知还需要其它软件包，记下需要的软件，选最新版本下载ZIP文件，并安装，或者在命令窗口输入 install.packages("XYZ")，选择服务器，确定。报错？那就先下载再安装。
B. 开始工作
1）准备数据
建立一个Excel表格，包含元素和组别的关系，“是”则大于0，“否”则为0。
|
Name |
Shanghai |
Beijing |
Guangzhou |
|
XiaoWu |
0 |
0 |
1 |
|
XiaoMing |
0 |
1 |
0 |
|
XiaoHan |
0 |
1 |
1 |
|
XiaoGao |
1 |
0 |
0 |
|
XiaoFu |
1 |
0 |
1 |
|
XiaoDai |
1 |
1 |
0 |
|
XiaoChen |
1 |
1 |
1 |
|
XiaoXue |
1 |
0 |
1 |
这是各位同学去过的不同城市。另存为Tab 分隔的 txt 文件，取个名字比如 travel.txt。
注意，演示数据中，最好各种情况都有，数据较少并且分布奇怪，Vennerable可能会不接受。
2）开始作图（依次把命令拷贝到命令窗口）
folder<-"D:\data\tongxue"
file<-"travel.txt"
# 告诉R， 文件在哪里，叫什么名字，注意是 “\”
setwd(folder)
read.table(file,header=TRUE,sep="t",row.names=1)->venndata;
library(Vennerable)
#数据整理
probe<-rownames(venndata)
sample<-colnames(venndata)
data<-as.list(venndata)
names(data)<-sample
for (num in 1:length(sample)){
hit<-venndata[[num]]
out<-probe[hit>0]
data[[num]]<-out
}
#数据统计
Vstem <- Venn(data)
Vstem
#数据统计好了
#根据实际，选择作图命令
# 2或3 分组
plot(Vstem)
# 4 个分组
plot(Vstem,type="ellipses",doWeights =FALSE)
# 5个及以上分组
请参照Vennerable package说明文档
# 1个分组
打开Windows PowerPoint，插入圈图即可。
当然可以把命令先拷到记事本中，编辑好后，一次拷入命令窗口。
恩，是不是你想要的。接下来，右键拷贝出即可。
-------------------------------------------------------------
这里有不调整集合尺寸的作图方法：
R语言
http://www.ats.ucla.edu/stat/r/faq/venn.htm
非R语言
http://research.stowers-institute.org/mcm/venn.html
如果做四组分类建议用这个（因为Vennerable也不调整尺寸）
http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html
其它问题参照Google。
https://blog.sciencenet.cn/blog-285393-459483.html
上一篇：0 or 1 in genomic coordinates
下一篇：R & Bioconductor Manual
