既然关联作图和连锁作图是两种互补的方法，将这两种方法结合起来进行可能效果更好，能充分利用两者的优点。前面有篇博文已经涉及到这方面的内容（http://www.sciencenet.cn/m/user_content.aspx?id=367592）。任何作图都需要作图群体，NAM和MAGIC是可以同时利用两种方法进行作图的群体。徐云碧老师的新论文提供了新的群体和分析方法joint linkage–linkage disequilibrium mapping is a powerful approach to detecting quantitative trait loci underlying drought tolerance in maizejoint linkage–linkage disequilibrium mapping

       个人觉得这也是非常好的方法，因为NAM和MAGIC是需要重新构建群体的，而按徐老师的方法可以直接利用已经存在的RIL和品种资源。植物尤其是研究基础较好的植物，如水稻、玉米等已经建立了太多的RIL所以将二者结合非常容易。

      非常自然可能还有种群体也能同时利用这两种方法，比如有40个不同组合的RIL，其中包含亲本最多可以达到80个（假设是2倍体纯系间的杂交），这80个亲本可以进行关联分析，40个RIL混合起来用是关联分析，分开用是连锁作图。这80个亲本可以进行全基因组序列测定，所以40个RIL都能建立高密度的遗传图谱。呵呵，凭空想象，这里面可能还需要太多的耐心细致的工作。

      当新知识新方法出现时，只能考虑怎样有效的利用它，想回避都回避不了。研究植物QTL的大多太熟悉连锁作图方法了，在知识爆炸的今天，当然它不是唯一的选择或者最好的选择。

      提到徐老师，我得再介绍下他写得植物分子育种的书。关于书的介绍在这篇博文里：http://www.sciencenet.cn/m/user_content.aspx?id=367685（重组自交系的高通量测序）。

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拟南芥中两种方法的结合研究:

1 Linkage and Association Mapping of Arabidopsis thaliana Flowering Time in Nature

linkage and association

这篇是用了多个RIL群体.但不是NAM群体.下篇可能该水稻的了

2 Genome-wide survey of Arabidopsis natural variation in downy mildew resistance using combined association and linkage mapping

Genome-wide survey

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相关主题还有其它博文:基于育种群体的联合连锁-关联作图( http://www.sciencenet.cn/m/user_content.aspx?id=394350)

 

 

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