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“软件+指定引用文献”的科研模式
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现在，计算已经成为科学研究的重要手段之一了。虽说有的计算门槛不高，借助大软件如VC、MATLAB等写点小程序可以完成外，但有的还是一般人望尘莫及的，比如第一原理计算。以前这个问题我没有给予很多关注，但现在发现"软件+指定文献引用"已成为一种科研模式。
比如今年SCI IFs出来后的明星刊物结晶学报A辑(ACTA CRYSTALLOGR A)就是最明显的一例。一句“The following reference should be cited whenever a program beginning with the letters "SHELX..." is used, including the Bruker SHELXTL system: G.M. Sheldrick, "A short history of SHELX", Acta. Cryst. (2008) A64, 112-122.”注定了“A short history of SHELX"(Acta Cryst. (2008). A64, 112-122)， 拉动了该刊2008年IF=2.051，而2009年IF=49.926！详细奇迹诞生历程见http://www.sciencenet.cn/m/user_content.aspx?id=337824分析。
这里的免费软件不少，限于所学范围有限，仅介绍知道的，欢迎大家补充。
1.今天想做原子力形貌图像的功率谱密度（PSD）分析时知道了一个WSxM软件，当然它的功能可以和常用商用AFM自带图像处理软件相当。页面为：http://www.nanotec.es/products/wsxm/index.php。
2.研究反应溅射沉积制备化合物薄膜的人可能对比利时根特大学有所了解，他们过一本书反应溅射沉积《Reactive Sputtering Deposition》(D. Depla, S. Mahieu, Springer, 2007)。他们研究反应溅射有十来年了，当然瞄准的是具有广泛应用背景的复杂化合物膜的制备的模拟。现在编制了两款软件：RSD和SIMTRA，下载页面：http://vs03013.virtualserver.priorweb.be/index.php?p=86。也是需要引用对应文献的，这个下载说明里说得很清楚。顺带说一下，他们有个DRAFT项目，并发起了关于反应溅射的国际讨论会。摘录部分如下：
The International Symposium on Reactive Sputter Deposition was established in Ghent in the year 2000. It provided a platform among leading international scientists, engineers and students for discussing recent achievements in reactive sputter deposition and thin films. The Symposium has developed to an annual tradition, steadily growing without loosing its focus on reactive sputtering and its fundamental aspects. The symposium covers the production and use of coatings, from basic research to devices and new applications.
The past years the RSD symposium was organized by the Belgian, Dutch and Austrian Vacuum Societies and held in Ghent ( Belgium ), Delft (The Netherlands) and Leoben (Austria). Last year it took place in Manchester (UK), and was attended by 100 participants!
3. 大名鼎鼎的SRIM(the Stopping and Range of Ions in Mater)软件也是如此，页面：http://www.srim.org/，这是一个用于离子注入、溅射模拟的基础性软件，现已发展到SRIM、SER、IBA三个主题，网页参考资源很是丰富。
4.计算薄膜介电性质和菲涅尔系数的软件GranFilm，页面：http://web.phys.ntnu.no/~ingves/Software/GranFilm/Current/。使用时需要引用R. Lazzari and I. Simonsen, Granfilm: a software for calculating thin-layer dielectric properties and fresnel coefficients, Thin Solid Films 419, 124 (2002).
5.不是什么软件都免费，著名的Materials Studio中CASTEP软件使用后发文章就需要引用其JPD文献。
6.第一原理计算比较出面的免费软件有VASP和AB Initio，当然不止这些。要下载Google之即可。
7.计算光子晶体性质时常用的FDTD软件有不少是开源的，限于了解不多，就不妄加介绍了。
这里有三点感受：
一是这样的”软件+制定引用文献“科研模式正逐渐兴起，这样的交流模式既促进了研究的升级，也扩大了软件编写者的影响，可能大家中不少都已经在用了。
二是有时候我们拼命琢磨计算时其实已经有一些计算工具可以借用了，哪怕有时要引用他们指定的文献，那也值得，这样我们可以在其基础上做一些工作。当然一个需要注意的问题是：有些软件架构可能比较难理解，二次开发利用上也不是那么简单的。如果需要，还是有必要区分其中的免费软件、共享软件、开源软件、copyleft等。
三是国人在这方面似乎贡献很少见。可能这样的一种模式为还没有适应。还不得而知。可能专业论坛里有很多。限于接触面太窄，也许并非如此。欢迎大家拍砖补充！
https://blog.sciencenet.cn/blog-74857-370698.html
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