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高通量测序后会获得很多序列,一般公司都会进行注释,但是如果参考基因组或参考序列注释不完整的情况下,往往需要我们开展本地blast。NCBI的BLAST+是常用的程序,但是需要输入参数和语言。实践证明,这会将N多人挡在门外。为此,利用python语言特编写了一个小程序,以方便使用。
此外,这个小程序还有一个额外的功能,即可以实现将多对引物与拟进行扩增的靶序列进行比对,尤其是设计好序列的特异性引物后,检查能否扩增出若干个相似度高的序列(如不同剪切体),即检查引物的脱靶效应时能派上用场。
下载地址:
链接:https://pan.baidu.com/s/1VuDFO3esJlTZPmbNV5AQGA
提取码:wwr8
使用说明:
1. 请提前安装NCBI的BLAST+(https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/),并按照安装说明将BLAST+加入环境变量中(参考:https://www.cnblogs.com/yahengwang/p/9414163.html)。加入环境变量的方法是很多软件通用的方法,仅第一次使用的时候需要,后续就不需要了。
2. 拟比对的序列或引物以fasta格式的形式存储在记事本(.txt)文件中;相应的序列库需要是.fasta格式的文件。
3. 将此exe文件和上述的.txt和.fasta文件放在任一文件夹中,双击后根据提示操作即可。
注意事项:
1. 本程序仅适用于win10操作系统。
2. 一定要将blast+加入环境变量。
3. 有的时候报错,可能是由于所在盘的空间不够。
4. 最后会输出2个文件,一个是简化的版本的txt文件,一个是详细的版本的txt文件,建议先浏览详细版本的文件,简化版本的有它用,推荐使用EditPlus、Notepad++(免费, https://notepad-plus-plus.org/downloads/)等软件查看。
致谢:
1. 特别感谢温州大学肖鹏老师的帮助。
2. python 社区(https://www.python.org/)。
3. Biopython, CSV, BLAST+软件包的开发者、维护团队及资助者。
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GMT+8, 2024-10-19 23:38
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