多序列比对

Clustalw，Clustalx 与 MEGA的下载安装

Clustalw 下载链接：http://www.clustal.org/download/current/clustalw-2.1-win.msi
Clustalx 下载链接：http://www.clustal.org/download/current/clustalx-2.1-win.msi
MEGA 下载链接：http://www.megasoftware.net/releases/MEGA7.0.26_win64_setup.exe

序列比对

• 打开MEGA，进入序列比对分析

• 载入fasta序列

• 使用Clustalw 比对序列，参数默认点OK

• 跑出来的结果需要编辑第一列只留下物种名，序列去掉5',3'端的空序列（因为要比对序列同源性，最好把显示 - 的序列去掉，使多序列的两端整齐，类似矩阵）

• 导出fasta格式和MEGA格式两种格式

• 打开Clustalx 加载刚刚比对完的fasta格式（注意是比对完的，文件后缀名为.fas）

• 导出可视化文件，参数默认点OK

• 得到可视化的多序列比对结果，打开类似这样（打开用到的软件为Adobe Acrobat）

进化树分析

• 打开MEGA，载入meg文件

• 参数设置（这里是核酸序列）

• 得到进化树

• 导出与美化

美化参考：http://www.sohu.com/a/130616941_278730

保守位点分析

• 输入网址
  MEME : http://meme-suite.org/tools/meme

• 上传fasta序列（这里的序列是整合后的文件，文件后缀.fasta）,并输入参数（这里设置motif为10）

• 得到保守位点分析结果

转自https://zhuanlan.zhihu.com/p/36598434