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Muscle
MUSCLE是RC Edgar开发的序列多重比对(Multiple Sequence Alignment,MSA)工具
下载和相关说明地址为http://www.drive5.com/muscle/manual/
1、比对并保存比对结果为Fasta格式文件
muscle -in seqs.fa -out seqs.afa
对于大数据集可以使用
muscle -in seqs.fa -out seqs.afa -maxiters 2
MUSCLE默认使用高准确度的比对方式,若需要更快但精度较低的方法可以使用:
用于氨基酸序列比对
muscle -in seqs.fa -out seqs.afa -maxiters 1 -diags -sv -distance1 kbit20_3
用于核算序列比对
muscle -in seqs.fa -out seqs.afa -maxiters 1 -diags
2、将比对结果转换为CLUSTALW格式的文件
muscle -in seqs.fa -clw
参数
-in 输入文件必须为fasta格式,如果序列中存在gaps,gaps将会被丢弃
-out 输出文件
3、根据多重比对结果构建UPGMA树
muscle -maketree -in seqs.afa -out seqs.phy
4、根据多重比对结果构建NJ(Neighbor-Joining)树
muscle -maketree -in seqs.afa -out seqs.phy -cluster neighborjoining
5、对已有比对结果加入新的序列
已有一个msa结果,想加入一条新的序列
muscle -profile -in1 existing_msa.afa -in2 new_seq.fa -out combined.afa
6、如果序列有多条,则先对需要加入的序列进行多重比对,然后对两个多重比对结果进行比对(同下)
muscle -in new_seqs.fa -out new_seqs.afa
muscle -profile -in1 existing_aln.afa -in2 new_seqs.afa -out combined.afas
7、两个比对结果进行比对
muscle -profile -in1 one.afa -in2 two.afa -out both.afa
8、提炼已有MSA
muscle -in msa.afa -out refined_msa.afa -refine
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