2000年之后，朱清时的思想中宗教尤其是佛教的成分日渐增加。其著作《东方科学文化的复兴》 认为“以‘整体论’为指导的东方科学思想将成为第二次科学革命的灵魂”。他主张“复杂性科学观”，认为中医学是“科学性之谜的钥匙”。

       2003年8月，他在与友人刘正成谈话时提及西藏的达隆活佛可以“（几个月中）……就连这些东西都不吃了。吃石头磨成的粉，闻周围野花的气味，就能够吸收营养。”他认为这种辟谷是“佛教的这种修炼其实是两千多年来人类做的一种实验：心理的活动产生了生理上的巨大变化。这种变化在过去的自然科学，包括医学和心理学都无从解释。” 对此新语丝网站专辟了“朱清时迷信事件”专栏；中国科大BBS上有不少学生声援朱清时。
       2009年3月8日，发表《物理学步入禅境：缘起性空》的宣传佛教演讲，认为当代物理学弦理论就是佛教的缘起性空观点，“科学家千辛万苦爬到山顶时，佛学大师已经在此等候多时了！”。

https://baike.so.com/doc/911257-963145.html

许培扬博文    朱清时院士研究中医真气的科学依据

http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=280034&do=blog&id=1060584

中医真气的出处、本质与作用。

• 出自

  《素问·上古天真论》

• 中医中的真气

  流动着而看不见的精微物质

• 作用

  维持人体生命活动

许培扬博文    朱清时院士“科冠佛戴”

http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=280034&do=blog&id=1060341

许培扬博文     朱清时院士讲座: 修炼中医真气

http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=280034&do=blog&id=1060123

http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=280034&do=blog&id=1060640

朱清时论文25篇分布如下

数据来源 http://www.pubmedplus.cn/