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生物信息学技术 之 如何进行物种间同源序列分析

已有 1091 次阅读 2018-9-30 23:31 |个人分类:科研经验|系统分类:科研笔记

 

随着生命科学的发展,人们越来越关注基因或调控元件的物种间保守性,如何获取这些同源序列则成为生物信息学分析的常见内容。现将这方面的经验总结如下,希望对大家有所帮助!


 图文并茂版,请下载:

获取同源序列的步骤.pdf


 文字版


>gi|341926217|ref|NR_040616.1| Musmusculus RIKEN cDNA A130077B15 gene (A130077B15Rik), long non-codingRNA

 

第一步:根据NR_040616找到该基因在小鼠(mm9)中的基因组位置:

 

RefSeq Gene A130077B15Rik

RefSeq: NR_040616.1   Status: Predicted
Description:
 Mus musculus RIKEN cDNA A130077B15 gene  (A130077B15Rik), long non-coding RNA.
Entrez Gene:
 319272
PubMed on Gene:
 A130077B15Rik


mRNA/Genomic Alignments

BROWSER | SIZEIDENTITY CHROMOSOME  STRAND    START    END              QUERY     START  END  TOTAL

-----------------------------------------------------------------------------------------------------

browser |  2547  100.0%        10     - 122002079 122006947             NR_040616     1 2547  2547


View details of parts of alignment within browser window
.


Position: chr10:122002079-122006947
Band:
 10qD2
Genomic Size:
 4869
Strand:
 -
Gene Symbol:
 A130077B15Rik

 

第二步:利用该位置(chr10:122002079-122006947)在人的基因组中寻找同源序列

网站:http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgLiftOver


点击Submit?

 

点击View conversions

 

会下载一个后缀为bed的文件,用文本打开,后有一个位置,即该基因在人类基因组中的同源序列的位置:chr12         63451868         63452768

 

第三步:根据位置查看其在人类基因组的情况:

网址:

http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway?hgsid=455296151_ME72VQ0aUTgj9KJwsRJWQSKaQ6fF&clade=mammal&org=Human&db=hg19

 

点击submit,结果发现该区域在人类中并无基因


把当前窗口放大十倍后,会在附近找到一个Ensemble基因:

EnsemblGenes (ENST00000553036 - Ensembl 75)




Ensembl Gene Link: ENSG00000257664
Ensembl Transcript: 
ENST00000553036
Ensembl Protein: 
Gene Name: RSL24D1P5
Ensembl Type: processed_pseudogene

Position: 
chr12:63449055-63449545
Band: 12q14.2
Genomic Size: 491
Strand: -
Gene Symbol: ENSG00000257664
CDS Start: none  (non-coding)
CDS End: none  (non-coding)

Links  to sequence:

 

提示是一个假基因。

 

第四步:获取人类同源的序列:

位置:chr12   63451868         63452768

网站:https://usegalaxy.org/

首先提交位置:


将以上位置粘贴到上面的框中,物种选择hg19


点击Start

在窗口右侧会出现刚刚输入的位置:


获取同源序列:点击左侧的工具条:

 

默认输入了最新导入的位置:


点击Execute,结果在右侧结果框展示:


 

点击保存按钮下载序列即可:

>hg19_chr12_63451868_63452768_+ 63452768

GACTTATGGTGAAAGCTGAGTGTAGGCAAATCCTGGCTTGGGGCATGATG

GTGAGAGCAGGGGTGATTGGGGACTGGAGAAGAAACTTTGAGcatgtatt

ctcaactagggcaatcttgcccccagtggggcgaaacttggttgatgaaa

ctaggaggcaaaaatacctcattctttatgcataggcacagatatacagt

atatctattgtattaaaatattatgagagtgatgattagtaaaaaatgtc

taaaaggctggtgggaggtggaggccgtaatgaagaaaggttaagaGGTA

GTGACTGAGAGGAAAAGTAGTTCTTCACAAGGCACTCAGCTGCCTAGAAA

TGACCCAATTTAAGAACCTCTGTTCTTAAAAAGGGAAATATTCATTTTTA

AAGGATATTTCCAATGATAGTCCTTTGGAGTGGAGGTTATAGAATAAGTT

TCTCTCATTTTCTTTTCTACATCTACCTTTCTAGGATTTCCAGCACAGAG

TACAGCACAGGATAAAGGTCTGAATCAGAAATGACAGCCTGCTTATATTT

GTGAAAAGTTAAATTAGGCTTTGAAATGATGACCAGCATCATTGTTGATG

AGACGACAATGTAGattcattggcatctattacatgttaggtactttgtc

tatggttaccaccttagttaacataaccaccctgcagaataggtatatta

tccccagctaagcagcaattatgtgccgaaccagaatgtgaacccaggtc

tgtgtgactctcaaggagatacactttccactggaccacaccattcctcA

TGAAGCAAACAGTTCAGATGAAGGGTCCCTGGAAAGCCCTCTTGTTCCTT

ACAGAAGGTTTTTGCTTCTCTGGAGTTTTGACCTTGGATGCTCCTTTAGG

 

 

至此就对小鼠基因组的一个lncRNA在人类基因组中的同源性进行了分析,可以利用这些信息研究其在人类同源序列上的调控等等。

 




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