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基因组editing现在很火啊 精选

已有 13986 次阅读 2014-11-23 12:38 |个人分类:评论|系统分类:科研笔记

最近跟国内一个朋友交流,发现他们在做跟我类似的东西,而在我们一个实验楼里就有几个人在做类似的东西。很高兴看到国家这么快的发展,新东西能很快跟上,不像20年前,做什么的都可以自居在填补空白。不过基因组editing确实是很有前途的技术,伯克利专门成了了一个中心发展这个技术,李嘉诚投资了1000万美元给了这个startup. 上个月基因组editing的其中一个创始人jennifer doudna还得了美国的一个科技发明奖,个人奖励300万美元,因为人家经费是要多少给多少,不用再奖经费了。中国的国家自然科学一等奖我记得几年前是500万人民币,个人得50万,剩下的是研究经费,不知道现在是多少,总之跟这个比应该还是有差距的。Jennifer和MIT的中国人zhang feng前一阵在一起抢着注册专利,好像因为MIT负责专利的人效率比较高,MIT拿到了专利,为此两个学校还有争执,当然jennefer后来也拿到了专利,关于这个技术的专利已经有几十个了,商品化的试剂盒已经出来了。基因组editing对于基因治疗确实很有吸引力,基因组edting技术不仅可以切割双链DNA,单链RNA,可以产生nick(只在一条链上切开),可以通过两个氨基酸突变使Cas9失去切割活性(died Cas9 or dCas9),在dCas9上面连接GFP可以荧光观察基因组特异loci(比如Huang bo的Cell文章), 如果dCas9连接上Vale组发明的Suntag(Vale最近的一片Cell就是讲这个),那荧光强度就会非常强,不需要huang bo那样的需要sgRNA (single guide RNA, 把体内两个Cas9结合RNA连在一起) tiling array才能观察标记非重复区(他们用26-36个sgRNA 标记一段基因上连续的一段,每个sgRNA识别20几个核苷酸,每个sgRNA直接隔开几十个核苷酸),如果在dCas9或者Cas9上面加上NLS信号,他们就会定位到细胞核,如果加上线粒体的定位信号就可以定为到线粒体,这样也可以做成线粒体基因组切割,突变或者标记的工具,用orthogonal的Cas9系统(从不同细菌中得到的Cas9,彼此不干扰)可以一起观察基因组上任何相关的两个位置,或者一起观察细胞核的基因组和线粒体的基因组之间的关系。基因组editing在很多物种和不同细胞系里面都可以实现了,当然问题也不少,off-target就是主要问题。


基因组是遗传信息的载体,基因组测序在很多物种已经完成,尤其是模式生物。但基因组上的基因表达却是非常复杂,基因组的结构,组蛋白的修饰,核苷酸的修饰,基因组上结合的各种蛋白,小RNA和其它各种分子综合调控着基因的表达。一直以来我们都缺少可以特异标记基因组特异位点的工具,genome editing提供了这样的机会来解决以前很多不能解决的问题。而且基因组ediding操作起来很容易,就是需要一些质粒或者lentivirial或者retrovirus的转染体系。当然在任何一个基因editing的设计上,还是需要特定问题特定分析,但摸索时间不会特别长。我也是刚开始尝试一些工作,不能提供权威的指导,只能简单交流。


http://newscenter.berkeley.edu/2014/11/10/jennifer-doudna-saul-perlmutter-named-2015-breakthrough-prize-winners/



http://blog.sciencenet.cn/blog-957815-845580.html

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