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化合物的手性如何存储在文本中

已有 3664 次阅读 2014-11-13 16:54 |个人分类:DrugDesign|系统分类:科研笔记

在谈化合物的手性的时候,

先谈谈chirality和parity的区别

chirality是化学中所说的手性

parity翻译为宇称,新规则下的手性

Parity is a general type of specification of chirality.

计算机中对手性原子的重新定义。

parity和chirality都和顺时针逆时针有关

顺时针parity的值为1,逆时针值为2,非手性碳为0,手性不确定为3

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chrality 顺时针值为R,逆时针值为S,

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重点

chrality 判断手性是基于原子量的大小,把最小的原子远离你,比如H原子。

然后是相连原子最大的原子编为1号。采用BFS的策略比较找出1 2 3对应的原子,看1 2 3 的顺序

parity基于原子在分子中的序号,把序号最小的原子远离你,然后序号最大的原子编写为1,其次为2,比较123的顺序。


####


  • Now, the three atoms forming the plane may arrange

    • either clockwise, in which case the local parity of the stereo center             is called ODD,

    • or counterclockwise, in which case the local parity of the stereo center            is called EVEN.

#ref:http://www.chemaxon.com/marvin-archive/6.1.5/marvin/help/sci/parity.html

#ref: Description of several chemical structure file formats used by computer programs developed at Molecular Design Limited


####

举例子

1同为S的分子,手性中心碳原子parity可能为1也可能为2

1同为S的分子,手性中心碳原子parity可能为1

S1111111111111111111111.mol


分析

2同为S的分子,手性中心碳原子parity可能为2

S222222222222222222222.mol


分析:


总结:

parity只能表明原子具有手性,paity的数值和RS不存在对应关系,

parity取决于原子编号,最大的远离,然后升序比较

chrality表征原子的RS,分子量最小的远离,然后按照分子量降序比较方向,

取决于分子量。2D分子表征手性是通过锲形键,

6代表向内的锲形键

1代表向内的锲形键

0代表普通键。







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