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pymol 显示蛋白不连续

已有 5734 次阅读 2018-6-27 11:39 |系统分类:科研笔记

 加力动力学采样后获得的轨迹,在pymol中可能会出现不连续的情况;


cartoon.png

将其在schrodinger中打开,然后到 pymol 就可以显示正常。

braf.png

ASP0-19是后来增加的loop;

outdist.png

断开之处的距离是在共价半径之类,但是并没有自动连接在一起;Pymol中的显示不仅仅是由坐标决定的。


updateResi.zip

氨基酸编号,重新显示。

update.png

从中我们看出pymol的逻辑,认为165和166之间应该是连接的;19和20也是连接的;

真实情况是165连接0-19 再连接166;




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