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SMARTS的使用

已有 3967 次阅读 2017-12-16 15:37 |系统分类:科研笔记



SMARTS好比于语言的正则表达式,能够快速定位要找的片段。

DayLight中应该是最完善的SMARTS,但是Pybel中有些规则是没有实现的。OpenEye又不是开源的。

---------PYBEL已有功能--------------------

1.逻辑语法,逗号代表OR。分号代表AND。

[N,O]   [N;+]




--------------pybel没有 或者没有发现的功能-----------

1.匹配不捕获 ,不想显示匹配中H原子的数目

ligsmi='c1([H])c([H])cc([H])c([H])c1F'# OK

目前的解决方法: 先匹配捕获,然后再按顺序剔除对应ID

2.如何实现非贪婪匹配

目前的解决的办法: 穷觉可能的数目

3.不支持隐式氢原子

目前的解决办法:    添加隐式H原子到文件的最后,这样保证原先的原子顺序不变。





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