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差点扔掉的Nature Paper 精选

已有 27065 次阅读 2013-5-10 09:10 |个人分类:论文故事|系统分类:科研笔记|关键词:论文,帮忙的霉菌| 论文, 帮忙的霉菌

我们最近和杜克大学的廖化新教授他们在Nature上发了一篇Article这篇文章首次通过分析一个艾滋病人从感染初期到现在不同时间点的血液样品,追踪了病人体内HIV病毒和抗体的共进化过程。其实艾滋病人体内,病毒一直在不断地突变,人体的免疫系统一直在紧紧跟进,但大多数情况下是慢了一拍。艾滋病人体内病毒和抗体的共进化过程,实际上是两个最伟大的进化/突变系统的斗争。这个病人最初的抗体只能中和他体内的同源毒株,但经过一年左右的时间,他的抗体变得广谱,能够中和异源的毒株并且亲和力增加,抗体在两年多完全成熟。了解病毒突变和抗体产生及亲和力成熟的互动过程可以为设计疫苗找到线索。

这是一个多家机构的大型合作项目,我们的合作者在136周的血样中分离到一组抗体,他们能够中和55%的流行毒株,我们team的任务是解析这个抗体和病毒包膜蛋白的复合物结构。我们很快就获得了纯化的抗原抗体复合物,初筛是由机器人完成的,机器人会在特定时间照相,把图像存在数据库,学生们每天来了就会先查看图像,看是否有晶体出现。如果有,就会进行优化以长出能用来收集数据的晶体。但是经过了很长时间都没有任何结晶的迹象,很快我们的机器人里放结晶板的格子满了,学生就把老的一堆拿出来准备扔掉,我说先别扔,我看看再说。我就抽空在常规显微镜下检查了一遍,竟然在这个被霉菌污染了的液滴里发现了亮晶晶的东西,这不是晶体吗。再回过头去调出这个drop的图像,原来刚开始的时候,是没有晶体出现,但霉菌在14天的时候后来出现了,第21的时候晶体就出现了。

第二天正好有光源的时间,我们就直接把晶体冻好送去,竟然收到了3.2A的数据,结构接出来后发现,原来霉菌的蛋白酶帮了我们一臂之力,我们放进去的是全长蛋白,解出结构后发现,病毒蛋白不与抗体结合的一个结构域竟然不见了被酶解了,没有了这个“多动”的结构域,余下的复合物就容易结晶了。通过这个结构,我们可以模拟不同时间点病毒蛋白的突变和抗体的成熟过程,发现多个病毒和抗体互动的热点区域。

这个结构和其他病毒/抗体分析的数据发表在425日的Nature。 对我来说真是一篇差点扔掉的文章。我是共同第一作者。


晶体长出的进程(由机器自动记录的图像):

0天:



一天:


2天:


三天:



14天, 霉菌出现了:



21天, 可以看见晶体长在霉菌丛中:




论文写作
http://blog.sciencenet.cn/blog-930846-688408.html


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