||
第一次课—20130321
王晖 【whatjl@gmail.com】
为大家提供实际应用的课,想学啥可以mail WH。
共32 课时,约16讲,重练习,有兴趣可以做小体系。
WHY SIMULATION? $\rightarrow$ TO explore 实验“无人区”
$\rightarrow$ combine with 实验: 按图索骥;水落石出;补充实验
e.g.:
Thermal and electrical conductivity of iron at Earth's core
Li -Be alloys (两个作者很牛)
Na 有金属相 $\rightarrow$ 指导实验
PtN一系列文章工作 $\rightarrow$ 引导实验
Ca
只有分析好,解释物理现象 $\Rightarrow$ 有好工作
HOW SIMULATION?tools:http://www.psi-k.org/codes.shtml
课程内容—研究需求:
结构:能量最小原理 (Lv Jian ’s Li文献)
压致相变:压力—总能关系
物态方程
弹性模量:工业生产很重视:VASP可直接做
能带:看闭合,带隙,斜率,m*
DOS:峰位匹配 $\rightarrow$ 耦合程度;杂化; 分立能态:每个轨道上的
电荷:eif 课表示局部结构
成键
硬度:有两个好模型(以后讲)
LD
软膜:虚声子,二级相变。声子很重要!如果有虚频 $\rightarrow$ 振出去了 $\rightarrow$ 回不来了(沿着这个方向,可能有个稳定结构) $\rightarrow$ 有相变
拉曼、红外: $\rightarrow$ 单独讲
超导:富氢体系 CaLi2
Linux:找时间练,装软件
/bin 可执行文件,控制机器
/home
shell 文本界面,用户余程序交互的工具
基本命令:cp mv rm cat more head tail ls mkdir cd
install package:Google + Baidu =各种说明 this part needs time to learn
虚拟机和Samba套件
第二次课—20130401
固体物理
Miller index(hlk)
平行晶面:面间距dhlk : $\left ( \frac{1}{b} \right )^{^{2}}= \left ( \frac{h}{a} \right )^{2}+\left ( \frac{l}{b} \right )^{2}+\left ( \frac{k}{c} \right )^{2}$
倒格子:①描述晶面②单晶衍射课观察到③Miller index是正格子与倒格子的纽带
7个晶系
14个格子
对称性
↓滑移、旋进
230个空间群
三种常用的结构文件:①cif②POSCAR(VASP中)③XSF
phonopy:找空间群的软件
phonopy——symmetry 找空间群,操作看对称性
PPOS 原胞
BPOS 单胞
apps/xsfconvert $\rightarrow$ 小软件(tool)
把POSCAR转成XSF的命令:v2xsf BPOSCAR v2xsf PPOSCAR
xCrySDen 是常用软件,下载11.4版本,静态即可,不用编译
tool $\rightarrow$ k-path
第三次课 20130411 和爽吃饭忘了有课了……
第四次课 20130418 上机课,练习提优化任务
第五次课 20130422 上机课,继续联系提优化任务
vi ~./bashrc
uname -a 查看版本
我的作业:五一回来后讲 铁磁序与反铁磁序 参考教材《固体物理导论》[美]基泰尔 著 项金钟 吴兴杰 译 Chemical Industry Press 出版社
第六次课 20130425 晶体结构预测—这节课邀请了CALYPSO程序开发小组的负责人,王彦超,为大家讲解晶体结构预测 技术的思想、CALYPSO的功能、及重要参数。
卡利普索小调
参数:
pso的收敛标准有两个
体积:可找类似结构,扩大10%
距离::截断半径之和的0.8:也可从MS里读,稍小一点就好
split:
第七次课 20130506
电子局域函数ELF 0.5是电子气,越接近1 越是好的共价键
研究电荷密度梯度AIM理论,有个好网站
可通过这个预测H出现在哪里,
查分电荷密度 谁相对谁 晶体的-院子的
分类能态密度
能带图,看黛西是够有交叠,有即为金属,直接带息在同一个点上的,压制金属化
某一个轨道分布宽认为电子有强相互作用,平的
分析共价键时强方向共价键,看分类DOS,如果峰位对应好,就是有。
第八次课 20130509
1 使用SCrySDen。网页上有使用手册,画图很好用,尤其是带面的图
2 /home/apps/teaching教学目录
3 看电荷转移 ,用Bander ,ACF.dat文件最常用
4 如何安装一个软件,make 就像exe。有自己的一套脚本,有兴趣可以看。.f90是源文件,我们用的编译器都是
FC = gfortran
在安装前clean下,只剩下.f90,然后make,就可以用了。调用一些别的库,要给出路径。动态和静态,也可用共享方法。
5 CharGCAR可以直接用VESTA读
6 在算dos和band时,自洽计算用大的K点,为了得到好的电荷密度。倒空间里0.02~0.015即可
7 能带计算非自洽时:高对称方向(沿不可约区的边)上的点的选取有两种办法:1用老师的pdf文件去找;2用SCrySDen去找(把方向找出来,自动出点)
8 DOS后期处理:DOSCAR文件中有3列数据:能量,电荷密度,电荷密度的积分
把写好的小脚本cp到目录下,编译就可以用了。编译命令:gfortan, 输出a.out文件,再重命名mv就可以了;或者用gfortan-o A B编译(把A编译后命名为B)
9 作业:NaCl的band dos chargdiff bader
kmesh选0.02就可以
10 画图:位图,失真。矢量图不失真!字体Garamond 24号加粗 有很多线叠在一起时可以交替用半填充,空心的区别开;灰色不稳定的结构,弱化。一张图尽量多包含信息,说明可以很长。
分类dos :通常从两种方式区分,一是颜色,二是线型。
能带:不需要画全部,只要区分开倒带顶、底 就可以
11 zz _software下有软件,VESTA,网上既有手册也有视频。要去学习
第八次课 20130516
做个小体系
电子化合物——Ca2N
碱土金属和氮以前没发过太高的文章,只有篇X2N的文章,像这样的体系,虽不大,但你做了出结构就能写!
结构预测什么时候做3倍胞?老师的是4倍胞结构看出了1倍的,然后回头做了3倍胞的。
开放轨道:电子在能带上移动不闭合
在做计算前,要先与实验对比,看选取的交换关联函数是否合理,看c/a。怎么做的ecut和k点的测试。
以老师为单位,我们马老师组做Sr2N 。一个组最多提一个8核的任务,4倍胞
进队列:pbs -Q moon:可以看加拿大计算机网站
声子计算:welcome——phonopy.v.1.6.4:http://phonopy.sourceforge.net/
有虚频说明动力学不稳定,那么沿着软膜方向移动原子,会找到一个能量更低结构。但有使用范围,否则0温时有虚频但是稳定的结构。
phonopy -
热力学性质:零点震动能(尤其是含H体系)
自由能
熵 S(entropy):体系的状态数越大,S越大
准简写近似:考虑了声子受温度的影响,可用phonopy来做,
做声子扩胞前的POSCAR一定是优化好的,力常数精度要高。
Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )
GMT+8, 2024-11-26 22:42
Powered by ScienceNet.cn
Copyright © 2007- 中国科学报社