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利用R GENLIB 计算近交系数

已有 561 次阅读 2019-2-25 22:04 |个人分类:r|系统分类:科研笔记| GENLIB, 近交系数, r语言

r语言有丰富的生命科学计算的工具,GENLIB包包含管理家谱数据的基本函数,例如,允许提取家谱的一部分或选择特定的个人。包含管理家谱数据的基本函数,例如,允许提取家谱的一部分或选择特定的个人。还有许多功能提供信息来描述家谱以及函数的大小和复杂性计算标准的措施,如亲属关系,近亲系数和遗传贡献。GENLIB还包括用于基因删除模拟的函数。

本文使用其gen.genealogy函数和gen.f函数计算近交系数

代码如下

            library(GENLIB)

            setwd("D:/r_leanling/inbreding")#转换目录

            ped.data<-read.csv("prePedigree.csv",header=T,sep=",",na.strings="NA")

            genJi<-gen.genealogy(ped.data) #重新整理系谱

            f_values<-gen.f(genJi)

            f_values

            write.csv(f_values,'inbreeding.csv')


            
准备的文件必须严格按照下列各式 ,缺失值使用0,文件头使用ind 代表个体,father代表父亲,mother代表母亲,sex,1公2母。父母必须在个体信息中存在。否则报错

image.png


12859_2015_Article_581.pdf



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