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我是网虫?

已有 3330 次阅读 2016-1-15 21:24 |系统分类:科研笔记

我是网虫?


姬扬兄和我聊起上科学网写博文一事,在他看来,李兆良博主、肖传国博主和我,其实都不能算网上人物 一 你们只是因为工作原因碰巧上网了而已。现代社会,网络世界,谁都离不开网络,除非不做事情。至于上什么样的网络,是匿名还是实名则是个人偏好的话题了。现在上网方便,上网多了,可以起个名字“网虫”。


中国人用“网”这个词来历源远流长,在南方的乡下生活过的人,应该对渔网很亲切。唐宋元明清一路下来,渔网入诗歌的文章很多。唐朝马戴的《题镜湖野老所居》:湖里寻君去,樵风往返吹。树喧巢鸟出,路细葑田移。沤苎成渔网,枯根是酒卮。老年唯自适,生事任群儿。


这首诗歌讲到了把苎麻放到淤泥里沤藏,通过淤泥的作用脱胶,然后用所得的麻来编织渔网,这个过程我是熟悉的,苎麻在湖南曾经种植相当多。我最早接触渔网和苎麻跟我姨爷有关,他是我的奶奶的妹妹的丈夫。姨爷因出生于家境殷实人家,自幼熟读诗书,和我爷爷一样,都是在龙州书院读的书。只是爷爷后来入了国民党在外工作去了,而姨爷因为天生眼睛不好、视力相当的弱,只能留在家乡。他的书都是别人给他读,他记下来,做文章的时候,也是他来念人家替他写。


可是就是这么弱的视力,姨爷一辈子却为乡民编织了很多的渔网同时也以此维持生计。编织的苎麻先是秋季采集回来后,捆起来然后埋入淤泥,等到来年开春,苎麻外表的果胶就能很容易脱落了再行加工。


当然,现代工艺流程加工苎麻,可以利用细菌来源的果胶酶脱胶不再使用原有的落后的模式了。比如,我博士阶段研究所用的模式细菌(Erwinia carotovora subsp. carotovora, 现在已经更名为 Pectobacterium carotovora subsp. carotocora)就有非常强劲的降解植物细胞壁包括果胶的能力,尤其是我博士导师 TAPIO PALVA 教授在赫尔辛基大学 VIIKKI 校区分离的 SCC1 菌株,我推测SCC1对于苎麻脱胶工艺而言,应该是一个相当好的潜势菌株。


记得应该是1986年秋季,湖南省的时任省长熊清泉、省政协副主席我们生物系的尹长民老师、省军区司令蒋金流,前来我们师大生物系参观陈福星副教授的苎麻脱胶工艺研究,陈老师是我们微生物学的任课老师。课讲得很好,不仅是口才好,关键还有他传道的方法好,内容也非常丰富,艾滋病就是陈老师给我们介绍的,那时候的教材并没有这个内容。后来我们才知道,陈老师家里有一个残疾不能自理的儿子是终年需要他和他太太的伺候,那时候是没有保姆一说的。可是陈老师传递给我们学生的不仅仅是他敬业的精神、他的渊博知识、还有他的乐观以及长者对待我们后学的关怀。后来,因为毕业论文,我又和陈老师的女儿熟悉起来,她年长我几岁,是我们的试验员,任劳任怨的,每天都能看到她乐观的微笑,还记得她的男朋友是个围棋高手,我们同学在他面前即便让几个字都是输得一滩糊涂。


这里是科学网,我得掉转头来,谈谈我的一个做研究的感受,就是俗话说的一个科学家应该有特殊的SENSE,能够敏锐地从杂乱无章中找到自己独特的想要的东西。就拿这个Erwinia carotovora subsp. carotovora 来说吧,我的博士导师 TAPIO PALVA 教授是80年代分离到这个菌株,后来他到瑞典最古老的乌普萨拉大学出任遗传系主任,也是带着一帮人马研究这个菌株,直到后来回到赫尔辛基大学出任遗传系主任,还是如此。


但是一直以来,SCC1菌株困扰多多,没有找到突破口,他成名还是使用的还是用于平行研究的降解细胞壁能力比SCCI低了很多数量级的另一个菌株 SCC3193。我进入这个组以后,也不例外,我当时研究植物疾病抗性机理的信号传导机理。多年的研究知道,植物存在水杨酸和茉莉酸两种植物防御激素介导的植物细胞内部信号传导途径,现象上也清楚一种信号的人为加强可以压制另外一种信号的作用。但是究竟通过什么节点可以达到这个目的呢?我之前没有人知道。


我用苦力,那时候没有 Microarry 技术,只能通过Northern Blotting 这个极度费时费力的技术来考察植物在细菌感染后的早期诱导基因表达。好歹通过苦力,得到了SCC1和3193两个菌株所产生的菌悬液制备的外源诱导混合液导致的模式植物拟南芥(Arabidopsis thaliana)诱导的200来个基因的诱导表达谱。这时候我也用水杨酸、茉莉酸、以及乙烯还有其它能想到的对照处理,比较了这200来个基因的诱导表达谱。看来看去,一头雾水,没有多少规律。尤其是一些可以根据数据库预测的调控基因比如转录因子之类的诱导表达PATTERN 更是让人摸不到头脑。有天我在公交车上又琢磨这事儿,突然想到阴阳平衡的问题。就假设WRKY70可能就是这样一个调节节点,多一点就会通过WRKY70 激活一套水杨酸信号途径调控的基因表达,茉莉酸途径强了就会通过压制WRKY70蛋白的功能,从而压制部分水杨酸信号。


有了这个推测,我就马不停蹄地想各种能利用的办法来验证。运气不错,我们最后把文章发表在了Plant Cell上,因为这个节点的发现解释了以前观察到但又无法进一步解释的现象,迄今引用次数应该大抵超过了SCI 500 次引用了吧,google scholar 是 674。这在植物学领域完全可以不吹牛皮算高引用论文了,当时投CELL没有接受,投NATURE和SCIENCE 也没有接受。即便发在CNS上的很多植物学领域的论文,要达到这个引用情况也不是普遍的。回顾这个工作,它的价值在于把一个链接两条信号通路的节点,通过有限的工作,提出了实证。植物学界,以后只要涉及到这两个激素共同作用的研究,我的这片文章用今天的眼光来看,无论多少毛病,无论多少缺陷,都是指点性的,不能抹杀我的功劳。而微生物学领域凡是用到SCC1和3193两个菌株开展工作,大抵也忘记不了江湖郎中曾经在这里扫过一腿。


我记得当时我的导师拿到我手稿时,瞪着眼睛笑眯眯问我,这是你自己写的?这之前就是第一次见到他,他主动带我到试验室里和各位打招呼,算是领我入门。此外,就是能在小组会上见到他,那时候四十来号人,一年组里一个人能轮上一次报告自己研究进展的机会。两年多过去,加上这片文章前后三易其稿,耗时半年,他每次都是给我很大的鼓励,well done 不离邮件往来。而他第二次主动来试验室找我则是把我的手稿最后做完文字上的POLISH,告诉我:“Hi, Jing, you can submit right now.”


回忆这段过程,没有一点要炫耀的意思,这里有我自己的徒弟。我想表达的是:1)作为博士生要不用扬鞭自奋蹄,实验设计以及课题运作等,导师不找你,你得主动找导师交流,否则等到导师有时间黄瓜菜都凉了,因为没有哪个负责任的导师不忙碌的;2)自己要培养自己去伪存真的 sense,科学研究尤其是生物学研究都是摸着石头过河,没有办法,实验生物学试错法占主导地位,石头在哪?如何个摸法?需要自己下功夫,我当时选择WRKY70研究的时候,除了导师不置可否,well well 不停,you may 不已,其他组内成员都是觉得weird,道理很简单,导师如果不在一线很难比你还神仙;3)科学研究其实很好玩,我当时的推测是在公共汽车上胡思乱想想出来的想法,然后回到试验室就玩命地玩实证,做科研心态要好,不能说我这是为了导师干,而是要变换角度,俺这是利用导师提供的机会大显身手,此时不显摆更待何时?当然,具体到个人的时候,还是不见得我所说的自己的体会就管用,听了我胡说八道上当了的话,我不负责的哦。


算了,“网虫”的事儿,改明儿再码,我先得处理点其它事情去了。


附:下面是我在学术界的第一篇处女作,时年早已经是38岁的衰哥了,比起现在你们这些年轻人来,我算是出道很晚很晚的了,这时候还刚在学术界开始混博士学位,当时基本是判了学术死刑的主。现在我早就转换了几茬领域,不过确实是又在忙活我喜欢的,看看能否搞出点留给世间经得起检验的造福人类的业绩,嘿嘿。


http://www.plantcell.org/content/16/2/319.full



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