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RAD测序在动植物的实验操作与上机测序的总结
RAD测序Barid,2008年无参考基因组。文献报道的是第一篇,在动物开展的研究。利用RAD技术对果蝇进行研究,在一个150kb的区域内精确定位了一个recombination breakpoint Genome Res. 2007;17(2):240-8.
RAD测中序在植物的运用,通过对多年生黑麦草的亲本和193株F1 个体的RAD-Seq 研究,鉴定了三个秆锈病抗性QTL,随后结合SSR和STS标记构建雌雄亲本图谱 Theor Appl Genet. 2011; 122(8):1467-80.
,2013年,昆明植物所郭振华老师研究组也将该技术运用到对竹子的系统发育研究中。RAD测序也是目前二代测序中简化基因组测序运用的最多的一种。传统的是8碱基的单个酶切,也有后期发展的8碱基SBF1和6碱基的ecolI进行双酶切,或者是6碱基的ecoI的单个酶切目前RAD测序在病毒中也得以运用,本文就不概括了。常见的DNA制备
DNA制备 | DNA分子材料 | 保存方法 | DNA提取方法 |
动物 | . Genomic DNA was isolated from pectoral fin clips using a DNeasy Tissue Kit (Qiagen). | . Genomic DNA was isolated from pectoral fin clips using a DNeasy Tissue Kit (Qiagen). D | . Genomic DNA was isolated from pectoral fin clips using a DNeasy Tissue Kit (Qiagen). D |
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