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通过web的生物医学文本处理工具:Whatizit

已有 3699 次阅读 2016-7-20 13:24 |个人分类:生物信息学|系统分类:科研笔记| 生物信息学, whatizit, 抽取术语

动机:文本挖掘方法已经进入到为生物医学研究者提供有效服务的阶段。这些方法需要解决的首要问题是资源(比如受控词表,要处理的文献(比如在PubMed中已经有一千七百万的文献),以及用户的需求(抽取事实的种方法)等在数量和体量的增长。这些需求刺激作者开发一个基于服务器的文献分析方法。Whatizit就是一套用于分析文献(任何科学论文或者Medline文摘)中蕴含信息的模块。

其特有的模型可以辨认专业术语并将这些术语链接到诸如Uni-ProtKb/SwissProt等数据库条目和基因本体中概念。

其他模块辨认一组选定的注释类别,如EBIMed分析流程分析蛋白后产生的集合。

对于Medline文摘,该工具提供登录EBI内部插件,输入PMID或者词查询。

对于用户自己的大规模的文本,服务器可以在流模式中运行。

(HTTP://WWW.EBI.AC.UK/WEBSERVICES/WHATIZIT)




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