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使用awk实现:二代测序文件fastq转换为fasta格式

已有 16935 次阅读 2014-8-13 10:34 |个人分类:perl|系统分类:科研笔记| normal, style, background, border

方法1

   awk '{if(NR%4 == 1){print ">" substr($0, 2)}}{if(NR%4 == 2){print}}' fastq > fasta

方法2:

   awk 'BEGIN{P=1}{if(P==1||P==2){gsub(/^[@]/,">");print}; if(P==4)P=0; P++}' fastq > fasta

推荐使用方法1,方法2可能会有缺陷,有些数据的值也是@,如果恰好是第一个碱基,就会出错



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