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Primer3-PRIMER_ERROR=thermodynamic approach chosen..解决办法

已有 8921 次阅读 2014-3-6 11:13 |个人分类:Bioinformatics|系统分类:科研笔记

安装Primer3后,发现直接使用命令

primer3_core <example >example.out

出现错误:

“PRIMER_ERROR=thermodynamic approach chosen, but path to thermodynamic parameters not specified”


1. 一种解决办法是输入命令时加入-default_version=1的参数

primer3_core  -default_version=1  -output=example.out  example


2. 另外一种解决办法如下:


查来一下发现Primer3文档中有这样的改变:

“2.5. IMPORTANT: because PRIMER_THERMODYNAMIC_OLIGO_ALIGNMENT=1,PRIMER_THERMODYNAMIC_PARAMETERS_PATH must point to the right location.This tag specifies the path to the directory that contains all theparameter files used by the thermodynamic approach. In Linux, thereare two *default* locations that are tested if this tag is notdefined: ./primer3_config/ and /opt/primer3_config/. For Windows,there is only one default location: .primer3_config.  If the theparameter files are not in one these locations, be sure to setPRIMER_THERMODYNAMIC_PARAMETERS_PATH.”


所以就只好在创建文件夹(需要root权限)

mkdir /opt/primer3_config

然后将primer3-2.3.6/src/primer3_congfig/下的所有文件都移动创建的文件夹中

cp -R ./primer3_congfig/*   /opt/primer3_config


重新使用命令就不会报错了

primer3_core <example >example.out



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