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在服务器上安装R-3.3.0遇到缺失软件包的解决方法

已有 4515 次阅读 2016-5-29 20:10 |个人分类:编程语言|系统分类:科研笔记|关键词:R-3.3.0,linux程序安装,软件包安装| linux程序安装, 软件包安装

R是统计学中常用的分析和画图工具,作为一个做生信分析的,自然免不了用到这个东西。跟其他语言类似,R的版本更新需要自己手动安装。以前从source包安装R很容易,只需要常规的configure/make/make install就可以。最近尝试在服务器集群上安装新版本(R-3.3.0)的时候发现问题:


看问题描述貌似bzip2版本太老了,新的R-3.3.0不能用,于是就自己下了个bzip2 v1.0.6版本来装,装完后还是同样的报错提示。于是上google搜索,终于搜到一篇遇到同样类似问题的文章(http://pj.freefaculty.org/blog/?p=315),并且该文还附带了解决方法,以下内容便是基于对该文章的总结得到的。


简单来说,就是从16年开始,R的新版本去除了一些原来包含在安装包里的包,并默认这些包已经安装在你的系统里,这时候,如果你用的是自己本地较新的linux/mac/windows版本,默认已经装好这些包,即使没有也能够很快安装或者更新这些包。但是,如果你是在服务器集群上,没有管理员权限,需要将这些包先安装在自己的目录下,然后才能调用,而关键的问题就是调用时的环境变量如何设置。


根据这篇博文给出的解决方法,首先新建个目录用来安装所有需要装的包(比如:/HOME/packages),然后将需要安装的软件包都装到这个目录下,并设置好环境变量(这个过程最关键),之后再configure/make/make install安装R-3.3.0就可以了,其中还有一些细节问题下面会提到。安装R-3.3.0过程中需要安装的包主要有:bzip2、xz、pcre和curl,该博文还提到了zlib,不过可能我的服务器上zlib已经更新过了,安装过程中并没有报错。

 

1.下载和安装bzip2:

bzip2不是标准的GNU包,根据下载的安装文件的说明文档,执行以下命令:

 cd ~/src

 wget http://www.bzip.org/1.0.6/bzip2-1.0.6.tar.gz

 tar xzvf bzip2-1.0.6.tar.gz

 cd bzip2-1.0.6

 make -f Makefile-libbz2_so

 make clean

 make

 make install PREFIX=/HOME/packages

注意:这里下载完bzip2后,需要修改Makefile文件,在CFLAGS这个变量后面添加 -fPIC,否则后面安装R的时候会报错。

 

2.安装xz包:

 cd ~/src

 wget http://tukaani.org/xz/xz-5.2.2.tar.gz

 tar xzvf xz-5.2.2.tar.gz

 cd xz-5.2.2

 ./configure --prefix=/HOME/packages

 make -j3

 make install

 

3.安装pcre包:

 cd ~/src

 wget ftp://ftp.csx.cam.ac.uk/pub/software/programming/pcre/pcre-8.38.tar.gz

 tar xzvf pcre-8.38.tar.gz

 cd pcre-8.38

 ./configure --enable-utf8 --prefix=/HOME/packages

 make -j3

 make install

 

4.安装curl包:

 cd ~/src

 wget --no-check-certificate https://curl.haxx.se/download/curl-.47.1.tar.gz

 tar xzvf curl-7.47.1.tar.gz

 cd curl-7.47.1

 ./configure --prefix=/HOME/packages

 make -j3

 make install

 

5.设置安装好的包的环境变量(!这步最重要):

 export PATH=/HOME/packages/bin:$PATH

 export LD_LIBRARY_PATH=\$LD_LIBRARY_PATH:\$LD_LIBRARY_PATH

 export CFLAGS="-I/HOME/packages/include"

 export LDFLAGS="-L/HOME/packages/lib"


前两个是安装R的“make”过程需要用到的,后两个是“configure”过程需要用到的。

 

6.最后就是安装R-3.3.0:

 cd ~/src/R-3.3.0

 mkdir builddir

 cd builddir

 ../configure --prefix=/HOME/packages/R-3.3.0

 make

 make install


等待安装完成,就可以开始愉快地使用新的R了...






http://blog.sciencenet.cn/blog-767751-981061.html


1 xiyouxiyou

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