R是统计学中常用的分析和画图工具，作为一个做生信分析的，自然免不了用到这个东西。跟其他语言类似，R的版本更新需要自己手动安装。以前从source包安装R很容易，只需要常规的configure/make/make install就可以。最近尝试在服务器集群上安装新版本(R-3.3.0）的时候发现问题：

看问题描述貌似bzip2版本太老了，新的R-3.3.0不能用，于是就自己下了个bzip2 v1.0.6版本来装，装完后还是同样的报错提示。于是上google搜索，终于搜到一篇遇到同样类似问题的文章（http://pj.freefaculty.org/blog/?p=315），并且该文还附带了解决方法，以下内容便是基于对该文章的总结得到的。

简单来说，就是从16年开始，R的新版本去除了一些原来包含在安装包里的包，并默认这些包已经安装在你的系统里，这时候，如果你用的是自己本地较新的linux/mac/windows版本，默认已经装好这些包，即使没有也能够很快安装或者更新这些包。但是，如果你是在服务器集群上，没有管理员权限，需要将这些包先安装在自己的目录下，然后才能调用，而关键的问题就是调用时的环境变量如何设置。

根据这篇博文给出的解决方法，首先新建个目录用来安装所有需要装的包（比如：/HOME/packages)，然后将需要安装的软件包都装到这个目录下，并设置好环境变量（这个过程最关键），之后再configure/make/make install安装R-3.3.0就可以了，其中还有一些细节问题下面会提到。安装R-3.3.0过程中需要安装的包主要有:bzip2、xz、pcre和curl，该博文还提到了zlib，不过可能我的服务器上zlib已经更新过了，安装过程中并没有报错。

1.下载和安装bzip2：

bzip2不是标准的GNU包，根据下载的安装文件的说明文档，执行以下命令：

 cd ~/src

 wget http://www.bzip.org/1.0.6/bzip2-1.0.6.tar.gz

 tar xzvf bzip2-1.0.6.tar.gz

 cd bzip2-1.0.6

 make -f Makefile-libbz2_so

 make clean

 make

 make install PREFIX=/HOME/packages

注意：这里下载完bzip2后，需要修改Makefile文件，在CFLAGS这个变量后面添加 -fPIC，否则后面安装R的时候会报错。

2.安装xz包：

 cd ~/src

 wget http://tukaani.org/xz/xz-5.2.2.tar.gz

 tar xzvf xz-5.2.2.tar.gz

 cd xz-5.2.2

 ./configure --prefix=/HOME/packages

 make -j3

 make install

3.安装pcre包：

 cd ~/src

 wget ftp://ftp.csx.cam.ac.uk/pub/software/programming/pcre/pcre-8.38.tar.gz

 tar xzvf pcre-8.38.tar.gz

 cd pcre-8.38

 ./configure --enable-utf8 --prefix=/HOME/packages

 make -j3

 make install

4.安装curl包：

 cd ~/src

 wget --no-check-certificate https://curl.haxx.se/download/curl-.47.1.tar.gz

 tar xzvf curl-7.47.1.tar.gz

 cd curl-7.47.1

 ./configure --prefix=/HOME/packages

 make -j3

 make install

5.设置安装好的包的环境变量（！这步最重要）：

 export PATH=/HOME/packages/bin:$PATH

 export LD_LIBRARY_PATH=\$LD_LIBRARY_PATH:\$LD_LIBRARY_PATH

 export CFLAGS="-I/HOME/packages/include"

 export LDFLAGS="-L/HOME/packages/lib"

前两个是安装R的“make”过程需要用到的，后两个是“configure”过程需要用到的。

6.最后就是安装R-3.3.0:

 cd ~/src/R-3.3.0

 mkdir builddir

 cd builddir

 ../configure --prefix=/HOME/packages/R-3.3.0

 make

 make install

等待安装完成，就可以开始愉快地使用新的R了...