作为一个纯粹的理工科研究生，一点点Linux基础都没有，会给你的科学事业带来不小的阻碍，在你未来用到各种软件中，有很大一部分软件属于开源软件，而它将是用Linux系统来运行的， 或许会有人问你傻啊！ 为什么不用windows？  好问题！ 首先windows 是人家微软砸钱基于DOS系统开发的，出于商业目的，所有基于Windows平台的开发者写出的软件，源代码你是看不到的，你在安装过程中也只需next step ...下去便okay。  听到这里好像没什么问题，是的，但当你在使用本领域的某一款小众软件，我指的是某种专业分析的软件时，你的问题便来了，没有那个公司出于商业目的开发你要使用的这款软件，因为没有利润和使用客户人群极少。这时或许你所在领域有一些大牛课题组的牛人自己写代码，帮助你解决你的专业问题，你应该感谢上苍，即便它只有很粗糙的图形界面或许仅仅只是命令行。 you should learn to be grateful 少年！ 这便是一个简单的开源软件，它没有利润，它有的只是“爱” 如果你的计算机基础够好，你可以按照你的个人需求在开源软件的基础上完成你对软件的个性化改造，这一切都是自由的。 好了扯淡到此结束。 如果你已经熟练使用Linux，那么劝你从这里打住，不要继续浪费时间了。因为接下来的东西多半是入门级的。 也是个人笔记的形式。 因为我就是个初学者嘛。。 （尴尬的笑了）

1.如何打开 二进制文件

Ctrl + Alt + T 打开命令行，使用cd命令找到你安装的文件目录下bin文件夹，输入 例如 ./phenix 如果发现执行不了，在软件正常安装的基础上，你需要检查一下你对这个二进制文件的权限：

ls -lh (h代表human)  

rw- r-- r--       这表示你对该文件没有操作权限，你需要赋予它可操作的权限 "x"

chmod 755 filename

rwx r-x r-x    

此时在输入 ./ filename  便可运行该程序。

“755“代表什么意思， 其实是三个组权限的简称 7代表所有者拥有全部权限，5代表所属组拥有读和操作权限 第二个5代表其他人拥有读和操作的权限。