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GBrowse安装配置指南(一)——GBrowse的安装

已有 5443 次阅读 2012-10-14 10:19 |个人分类:BioPerl|系统分类:科研笔记|关键词:GBrowse,Perl,基因组浏览器| Perl, GBrowse, 基因组浏览器

GBrowse是GMOD(Generic Modal Organism Database)组织发展的一种基于Perl语言的生物数据整合展示的线上工具,该工具功能丰富,可以对目前已知的绝大部分生物数据进行可视化展示,并且其强大的可扩展性可以集成许多差价,如限制性内切酶位点分析,UCSC-Blat,primer3等诸多功能。另外由于该软件是基于Perl语言发展出来的,其对大规模字符串为主的生物学数据具有非常明显的优势。不过碍于脚本语言的执行效率以及资源占有情况,需要对服务器平台进行合理设置以保证整个系统的正常运行。
下面我就首先来介绍一下GBrowse的安装过程。
以CentOS操作系统为例,基于RPM文件系统的Linux操作系统均适用
首先需要在操作系统上安装保证GBrowse正常运行所需要的软件包,如果已经安装,请直接进入第二步

1. 安装支持软件包(需要获得root权限)
     gcc编译器
     # yum install make gcc gcc-devel gmp-devel
     
     安装文件获取功能
     # yum install wget git
     
     安装apache2服务
     # yum install httpd mod_fcgid fcgi-perl

     安装所需求的Perl模块(建议使用CPAN安装)
     # CPAN
     > install GD Module::Build IO::String Capture::Tiny CGI::Session JSON JSON::Any libwww::perl DBD::SQLite File::NFSLock Net::SMTP::SSL Crypt::SSLeay Net::SSLeay Template::Toolkit Bio::Perl Bio::Graphics GD DBD::mysql GD::SVG DBI DBD::Pg Digest::MD5 Statistics::Descriptive Template

     安装数据库软件
      # yum install mysql mysql-server mysql-devel
   # yum install sqlite sqlite-devel
   # yum install postgresql postgresql-server

     可选选项
     # yum install inkscape  (用于生成矢量图)

需要注意的是Perl模块中的BioPerl以及Bio::Graphics是关键,一定要安装好.

2.在完成以上各个软件包的安装之后,在root权限下运行
     # perl -MCPAN -e 'install Bio::Graphics::Browser2'

当所有的安装过程结束之后,进入root权限,启动apache服务
     # service httpd start

然后打开浏览器,在地址栏中键入 http://localhost/gbrowse2 进入以下界面,证明安装成功!

可以点击其中的http://your.host/cgi-bin/gb2/gbrowse/yeast进入demo展示
如果不能正常显示则需要关闭linux系统的selinux服务
修改/etc/selinux/config文件,设置SELINUX=disabled ,然后重启服务器即可。



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