前段时间一直在编程，想从基因组参考序列里提取想要的一点东西。折腾了很长时间，终于编程完毕。其中修复了若干错误，每次修复一个错误，虽然很高兴，但也不免担心还有不知多少隐藏的错误没有被发现。

   不管如何，到目前仍未找到更多的错误，而且就测试例子来说，运行结果还是满意的。于是将人类参考基因组序列导入进行计算。但计算速度之慢，远超估计。

   于是想着改进一下程序，争取能更快地实现目的。需要说明的是，我使用的是perl语言。

   在程序中，有一个步骤需要在大范围里找到很多东西，由于考虑到内存限制，第一次使用的正则表达式。于是想到是否散列（hash）会更快？于是改为散列查找，但运行速度不仅没有改善，反而更慢，同时消耗了更多内存。改进失败，于是再次修改为数组查找，实现遍历一遍完成目的。但运行结果显示速度和散列查找差不多，但内存消耗更多。

   总结如下：

   1、脚本语言主要是为了方便编程，提高运算速度可能不是强项。

   2、正则表达式的效率确实值得称赞。