该文件每一行都是一个键值对，基本格式为：
    键: 值!注释

总体结构：
    文件头    !包含若干行总体说明
    词条1    ![词条类型]占第一行，后跟若干行说明
    词条2    !不同的词条可用于描述同一对象的不同方面
    .
    .
    .
    !中间可以有若干空白行
    !OBO文件中可以在任意地方插入注释，其注释以'!'开头

文件头：
    format-version: 1.2    !本文件所使用的OBO版本。本条目是必需的，以下文件头说明是可选的。
    data-version: 2012-12-09    !当前ontology的版本
    date: 07:12:2012 17:25    !当前日期
    saved-by: tanyaberardini    !最后保存该文件的用户
    auto-generated-by: OBO-Edit 2.2    !生成该文件的程序
    subsetdef: goslim_aspergillus "Aspergillus GO slim"    !对术语子集的描述
    .
    .
    .
    synonymtypedef: systematic_synonym "Systematic synonym" EXACT    !用户自定义的同义词类型
    default-namespace: gene_ontology    !缺省的名称使用范围
    remark:     !重要注释
    default-relationship-id-prefix:     !缺省关系作用范围
    id-mapping:     !将一个术语或关系对应到另一个术语或关系上
    idspace:     !全局id和局部id的对应
    ontology: go

词条：词条类型包括[Term]、[Typedef]、[Instance]

[Term]：
    [Term]
    id: GO:0000001    !一个id即一个对象。一般情况下，id是全局性的，即唯一对应的，在任何地方都是一样的
    name: mitochondrion inheritance    !术语名，只能有一个
    namespace: biological_process    !名称使用范围
    def:     !该术语的定义
    synonym: "mitochondrial inheritance" EXACT []    !同义词
    is_a: GO:0048308 ! organelle inheritance    !该术语是上级类别的一个亚类
    is_a: GO:0048311 ! mitochondrion distribution
    alt_id:     !备选id，一个术语可以有多个备选id
    is_anonymous:     !说明为true的话，则该词条为局部id，其id不是固定的，仅在当前文件有效
    comment:     !重要注释
    subset:     !该术语从属的子集，该子集必须是文件头定义的
    subset:     !一个术语可以从属于多个子集
    xref:     !其他词汇表中的类似词汇
    xref:     !一个术语可有多个类似词汇
    intersection_of:     !该术语是其他几个术语的交集
    intersection_of:    !至少要有两个
    union_of:     !该术语是其他几个术语的并集
    union_of:     !至少要有两个
    disjoint_from:     !该术语和另一个术语互斥
    relationship:     !该术语和另一个术语的关系，必须使用[Typedef]中定义的关系id
    is_obsolete:     !该术语是否被淘汰
    replaced_by:     !替代淘汰词的术语
    consider:     !淘汰词备选的、还未被审核的替换术语
    created_by:     !术语创造者
    creation_date:     !术语创造时间

[Typedef]：
    [Typedef]
    id:     !通常是有一定含义的字符串，而不是数字
    is_anonymous
    name
    namespace
    alt_id
    def
    comment
    subset
    synonym
    xref
    domain:     !该关系仅对domain指定术语的亚类起作用
    range:     !任何具有这个关系的术语都属于range指定术语的亚类
    is_anti_symmetric
    is_cyclic:     !可否构建循环作用
    is_reflexive:     !是否自反
    is_symmetric:     !是否对称
    is_transitive:     !传递关系？
    is_a
    inverse_of:     !和另一关系相反。适用于原关系的两个术语，可以反方向适用另一关系。
    transitive_over:     !将关系传递给下一个
    relationship
    is_obsolete
    replaced_by
    consider

[Instance]：
    [Instance]
    id
    is_anonymous
    name
    namespace
    alt_id
    comment
    synonym
    xref
    instance_of
    property_value
    is_obsolete
    replaced_by
    consider

缺省的词条定义
    [Typedef]
    id: is_a
    name: is_a
    range: OBO:TERM_OR_TYPE
    domain: OBO:TERM_OR_TYPE
    def: The basic subclassing relationship [OBO:defs]

    [Typedef]
    id: disjoint_from
    name: disjoint_from
    range: OBO:TERM
    domain: OBO:TERM
    def: Indicates that two classes are disjoint [OBO:defs]

    [Typedef]
    id: instance_of
    name: instance_of
    range: OBO:TERM
    domain: OBO:INSTANCE
    def: Indicates the type of an instance [OBO:defs]

    [Typedef]
    id: inverse_of
    name: inverse_of
    range: OBO:TYPE
    domain: OBO:TYPE
    def: Indicates that one relationship type is the inverse of another [OBO:defs]

    [Typedef]
    id: union_of
    name: union_of
    range: OBO:TERM
    domain: OBO:TERM
    def: Indicates that a term is the union of several others [OBO:defs]

    [Typedef]
    id: intersection_of
    name: intersection_of
    range: OBO:TERM
    domain: OBO:TERM
    def: Indicates that a term is the intersection of several others [OBO:defs]

参考网址：
http://www.geneontology.org/GO.format.obo-1_2.shtml



转载本文请联系原作者获取授权，同时请注明本文来自李治科学网博客。
链接地址：https://blog.sciencenet.cn/blog-722297-641568.html

上一篇：科研：工作？理想？
下一篇：GO注释文件各列意义