https://www.maxquant.org/

Win10

空间：10G以上

耗时：根据原始文件大小，约sample/4h，可以使用多核加速运行

1，载入数据，注意设置每个样品的Experiment，样品名

2，载入蛋白质fasta文件

注意把Label free quantification标签中的LFQ导出选中

3，运行

漫长等待后，结果文件见combined/txt/proteinGroups.txt，其中LFQ即为所需的信息。

4，标准化，差异

得到LFQ后，使用quantile标准化，使用ttest等按照fold change和p（fdr）筛选差异

5，功能分析

GO，Pathway，PPI等