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[转载]Quake -- 检测和修正测序reads中的错误
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Quake使用最大似然方法结合质量值和核苷酸特异性错误识别率，检测和修正测序reads中的错误。使用Quake后，在从头装配和SNP检测中获得了大量改进。Quake能够用于任何大小的项目，包括超过10亿条人类reads。
修正搜索
每个（质量差的）节点，可以有3种修正状态（即共四种状态）。例如：T修正成A,C,G，三种状态。
节点代表可能修正的reads，分枝代表修正。为每个节点分配一个likelihood。算法以likelihood降序访问每个节点，直到发现一条有效read或过阈值。
下载：http://www.cbcb.umd.edu/software/quake
时间：20101129
参考：Quake: quality-aware detection and correction of sequencing errors
https://blog.sciencenet.cn/blog-707141-1183256.html
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