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[转载]ggseqlogo：一个通用序列logos绘制R包

已有 3346 次阅读 2019-6-2 10:24 |个人分类:软件|系统分类:科研笔记| motif, logos |文章来源:转载

序列logos已经成为研究基因组中基本序列模式的重要可视化方法。尽管如此，仍然缺乏提供这些可视化通常需要的多功能性软件包。

ggseqlogo是一个以ggplot2包为基础的R包，旨在解决这个问题。ggseqlogo以一种高度可定制的方式提供了出版质量DNA、RNA和蛋白质序列logos，具有包括多logo绘制，定性和定量配色方案，logos注释和与其他图整合的特征。该包可以直观地使用，能够无缝整合到R分析流程中。

连续配色方案
下载.png

logo注释
下载 (1).png

多图整合

下载：https://cran.r-project.org/web/packages/ggseqlogo
时间：20170720
参考：ggseqlogo: a versatile R package for drawing sequence logos