下一代测序技术产生数百万的短测序片段，它们通常比对到参考基因组上。在许多应用中，下游分析需要的关键信息是比对到每个基因组特征，例如到每个外显子或每个基因上的片段数。计算片段的过程叫做片段汇总。片段汇总对于各种基因组分析都是需要的，但是目前为止在文献中获得了相对少的关注。

featureCounts是一个适合于计数或者从RNA或者从DNA测序实验中产生的片段的片段汇总程序，它实现了高效染色体哈希和特征分块技术。它比现有方法更快（对于基因水平汇总快一个数量级）并需要少得多的计算机内存。它对单端或双端片段有效，并提供了适合于不同测序应用的一系列选项。


下载：http://www.sourceforge.net/projects/subread
http://www.bioconductor.org/pa ... .html
语言：R
时间：20131123
参考：featureCounts: an efficient general purpose program for assigning sequence reads to genomic features