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使用rMATS分析alternative splicing,并使用rmats2sashimiplot绘图

已有 8909 次阅读 2019-4-2 07:29 |个人分类:软件|系统分类:科研笔记| 可变剪切, alternative splicing

image.png


程序检测的5种AS事件:SE, A5SS, A3SS, MXE, RI


安装:

pip install numpy

yum install lapack-devel blas-devel

yum install gsl-devel.x86_64

yum install gcc-gfortran


python 版的rMATS即可


使用:


nohup python rmats.py --b1 b1.txt --b2 b2.txt --gtf human.gtf --od AS -t paired --readLength 150 --cstat 0.0001 --nthread 10 &


–b1 b1.txt 输入sample1的txt格式的文件,文件内以逗号分隔重复样本的bam文件名

–b2 b2.txt 输入sample2的txt格式的文件,文件内以逗号分隔重复样本的bam文件名

-t readType 双端测序则readType为paired,单端测序则为single

–readLength 测序reads的长度

–gtf gtfFile 需要输入的gtf文件

–od outDir 所有输出文件的路径(文件夹)

–nthread 设置线程数



绘图:

nohup rmats2sashimiplot --b1 A1.bam,A2.bam,A3.bam --b2 B1.bam,B2.bam,B3.bam -t SE -e de.SE.MATS.JC.txt --l1 A --l2 B --exon_s 1 --intron_s 1 -o A_vs_B_SEplot &


这里只画差异的(p<0.05),否则太多,且无意义。


结果说明:


两个表格:AS表和差异AS表(每个表5个sheets)

N张图:分5个文件夹,差异AS中有超链接,可以点击打开图。


1111.png


计算说明:

以图中第二个track为例:0.77=(12/275)/(12/275+2/149)。图中数字为junction reads数,例如跨exon1和exon3的junction reads有2个。肉眼直观看,就知道(0,2,0) vs (15, 11, 3)差异!具体计算略!



参考:rMATS: robust and flexible detection of differential alternative splicing from replicate RNA-Seq data. 



https://blog.sciencenet.cn/blog-707141-1170963.html

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