微生信分享 http://blog.sciencenet.cn/u/chinapubmed 0代码在线绘制160+科研图

博文

[转载]AutoCirc -- 更快地鉴定RNA-seq数据中的环状RNA(circRNAs)

已有 2176 次阅读 2019-3-13 07:58 |个人分类:软件|系统分类:科研笔记| m6A, circRNA, RNA-seq |文章来源:转载

AutoCirc从RNA-seq数据中自动鉴定潜在circRNA的反向剪接位点。核心算法是C++实现的,用Perl包装,在相同计算环境下,比其他circRNA检测算法更快。AutoCirc用来检测基因组已知的所有物种中的circRNAs。它不需要基因注释,但是基因注释会改善circRNAs的检测。

AutoCirc_Workflow.jpg

下载:https://github.com/chanzhou/AutoCirc
语言:C++/Perl
时间:20170829
参考:Genome-Wide Maps of m6A circRNAs Identify Widespread and Cell-Type-Specific Methylation Patterns that Are Distinct from mRNAs



https://blog.sciencenet.cn/blog-707141-1167225.html

上一篇:[转载]Splatter -- 模拟单细胞RNA测序数据
下一篇:[转载]m6aViewer -- 从m6A-seq/MERIP测序数据中检测、分析和可视化N6甲基腺苷峰
收藏 IP: 101.85.51.*| 热度|

0

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (0 个评论)

数据加载中...

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2024-4-26 09:03

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部